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  The antiSMASH database, a comprehensive database of microbial secondary metabolite biosynthetic gene clusters

Blin, K., Medema, M. H., Kottmann, R., Yup Lee, S., & Weber, T. (2017). The antiSMASH database, a comprehensive database of microbial secondary metabolite biosynthetic gene clusters. Nucleic Acids Research (London), 45, 555-559.

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Basisdaten

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Genre: Zeitschriftenartikel

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:
Kottmann_01_3.pdf (Verlagsversion), 2MB
Name:
Kottmann_01_3.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Blin, Kai , Autor
Medema, Marnix H. , Autor
Kottmann, Renzo1, Autor           
Yup Lee, Sang , Autor
Weber, Tilmann , Autor
Affiliations:
1Microbial Genomics Group, Department of Molecular Ecology, Max Planck Institute for Marine Microbiology, Max Planck Society, ou_2481697              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Secondary metabolites produced by microorganisms are the main source of bioactive compounds that are in use as antimicrobial and anticancer drugs, fungicides, herbicides and pesticides. In the last decade, the increasing availability of microbial genomes has established genome mining as a very important method for the identification of their biosynthetic gene clusters (BGCs). One of the most popular tools for this task is antiSMASH. However, so far, antiSMASH is limited to de novo computing results for user-submitted genomes and only partially connects these with BGCs from other organisms. Therefore, we developed the antiSMASH database, a simple but highly useful new resource to browse antiSMASH-annotated BGCs in the currently 3907 bacterial genomes in the database and perform advanced search queries combining multiple search criteria.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2017-01-04
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: -
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Nucleic Acids Research (London)
  Andere : Nucleic Acids Res
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: Oxford : Oxford University Press
Seiten: - Band / Heft: 45 Artikelnummer: - Start- / Endseite: 555 - 559 Identifikator: ISSN: 0305-1048
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/110992357379342