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  Usability of reference-free transcriptome assemblies for detection of differential expression: a case study on Aethionema arabicum dimorphic seeds

Wilhelmsson, P. K. I., Chandler, J. O., Fernandez-Pozo, N., Graeber, K., Ullrich, K. K., Arshad, W., et al. (2019). Usability of reference-free transcriptome assemblies for detection of differential expression: a case study on Aethionema arabicum dimorphic seeds. BMC Genomics, 20: 95. doi:10.1186/s12864-019-5452-4.

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Basisdaten

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Genre: Zeitschriftenartikel

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Öffentlich
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application/pdf / [MD5]
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Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Wilhelmsson, Per K. I., Autor
Chandler, Jake O., Autor
Fernandez-Pozo, Noe, Autor
Graeber, Kai, Autor
Ullrich, Kristian K.1, Autor           
Arshad, Waheed, Autor
Khan, Safina, Autor
Hofberger, Johannes A., Autor
Buchta, Karl, Autor
Edger, Patrick P., Autor
Pires, J. Chris, Autor
Schranz, M. Eric, Autor
Leubner-Metzger, Gerhard, Autor
Rensing, Stefan A., Autor
Affiliations:
1Department Evolutionary Genetics, Max Planck Institute for Evolutionary Biology, Max Planck Society, ou_1445635              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: RNA-sequencing analysis is increasingly utilized to study gene expression in non-model organisms without sequenced genomes. Aethionema arabicum (Brassicaceae) exhibits seed dimorphism as a bet-hedging strategy – producing both a less dormant mucilaginous (M+) seed morph and a more dormant non-mucilaginous (NM) seed morph. Here, we compared de novo and reference-genome based transcriptome assemblies to investigate Ae. arabicum seed dimorphism and to evaluate the reference-free versus -dependent approach for identifying differentially expressed genes (DEGs).

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2018-05-162019-01-142019-01-302019-01
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: DOI: 10.1186/s12864-019-5452-4
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Projektname : Deutsche Forschungsgemeinschaft
Grant ID : RE 1697/8–1
Förderprogramm : -
Förderorganisation : -
Projektname : Netherlands Organization for Scientific Research
Grant ID : 849.13.004
Förderprogramm : -
Förderorganisation : -
Projektname : Biotechnology and Biological Sciences Research Council
Grant ID : BB/M00192X/1
Förderprogramm : -
Förderorganisation : -
Projektname : Biotechnology and Biological Sciences Research Council
Grant ID : BB/M000583/1
Förderprogramm : -
Förderorganisation : -
Projektname : Natural Environment Research Council (NERC) Doctoral Training Partnership studentship
Grant ID : NE/L002485/1
Förderprogramm : -
Förderorganisation : -

Quelle 1

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Titel: BMC Genomics
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: BioMed Central
Seiten: - Band / Heft: 20 Artikelnummer: 95 Start- / Endseite: - Identifikator: ISSN: 1471-2164
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/111000136905010