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Language(s):
deu - German
Dates:
20132013-12-17
Publication Status:
Issued
Pages:
88 Bl.
Publishing info:
Lübeck : Universität zu Lübeck, Institut für Neuro- und Bioinformatik
Table of Contents:
1 Einleitung 1
2 Material und Methoden 7
2.1 Herkunft der untersuchten Wildm¨ause . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.1.1 ZH1 und ZH6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.1.2 Wildm¨ause des ChIP qPCR Experiments . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.2 Auswertung von ChIP-Seq Datens¨ atzen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
2.2.1 Weiterverarbeitung von fastq Dateien . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
2.2.2 Definition von Peaks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.2.3 Analyse der Anreicherung in funktionellen Einheiten . . . . . . . . . . . 12
2.2.4 Normalisierung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
2.2.5 Differenzmaße . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.2.6 Finden von SNPs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
2.3 Chromatin Immunopr¨ azipitation gefolgt von quantitativer PCR . . . . . . . . . . 16
2.3.1 Chromatinpr¨aparation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.3.2 Kontrolle des pr ¨aparierten Chromatins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.3.3 Ergebnisse der Kontrollen der Chromatinpr¨aparation . . . . . . . . . . . 17
2.3.4 Immunopr¨ azipitation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
2.3.5 Quantitative Polymerasekettenreaktion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
2.4 Bestimmung der Primereffizienz . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
2.5 Vorgehen bei der Auswertung des ChIP qPCR Experiments . . . . . . . . . . . 24
2.5.1 Interpretation der qPCR Daten . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
2.5.2 Normalisierung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
2.5.3 Hauptkomponentenanalyse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.5.4 Statistische Auswertung der qPCR Ergebnisse . . . . . . . . . . . . . . 28
3 Ergebnisse 31
3.1 Ergebnisse der ChIP-Seq Analyse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
3.1.1 Qualit ¨ at der Reads . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
3.1.2 Mapping der Reads . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
3.1.3 SNP Detektion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
3.1.4 Ergebnisse der Normalisierung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
3.1.5 Normierte Differenz der Datens¨ atze . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.1.6 Vergleich ZH1 mit ZH6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.1.6.1 Allgemeine Beobachtungen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.1.6.2 Exklusive Peaks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
3.1.6.3 Alle Peaks ohne exklusive Peaks . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
3.1.6.4 Alle H3K4me3 Peaks im Vergleich . . . . . . . . . . . . . . . . 43
3.2 Validierung der ChIP qPCR Methode f ¨ ur Wildm¨ause . . . . . . . . . . . . . . . 46
3.2.1 Normalisierung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
3.2.2 Ergebnisse der experimentellen Bestimmung der Primereffizienz . . . . 48
3.2.3 Ergebnisse der Gelelektrophorese . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
3.2.4 Die Triplikate in der qPCR Analyse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
3.2.5 Die Input Ct-Werte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
3.3 Ergebnisse des ChIP qPCR Experiments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
3.3.1 Grafische Darstellung der qPCR Ergebnisse . . . . . . . . . . . . . . . 57
3.3.1.1 H3K4me3 Anreicherung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
3.3.1.2 H3K27ac Anreicherung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
3.3.1.3 Vergleich H3K4me3 mit H3K27ac Anreicherung . . . . . . . . . 61
3.3.2 Statistische Auswertung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
3.3.2.1 H3K4me3 Anreicherung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
3.3.2.2 H3K27ac Anreicherung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
3.3.3 Hauptkomponentenanalyse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
3.3.4 Vergleich der H3K4me3 mit der H3K27ac Anreicherung . . . . . . . . . 67
3.3.5 Zusammenhang zwischen der Normierten Differenz und den p-Werten
der statistischen Analyse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
3.3.6 Vergleich zu Bl6 M¨ausen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
4 Diskussion 71
Abk¨ urzungsverzeichnis 77
Abbildungsverzeichnis 79
Tabellenverzeichnis 81
Literaturverzeichnis 83
Rev. Type:
-
Identifiers:
Other: Dipl/12518
Degree:
Master
