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  PALMA: Perfect Alignments using Large Margin Algorithms

Rätsch, G., Hepp, B., Schulze, U., & Ong, C. (2006). PALMA: Perfect Alignments using Large Margin Algorithms. In D. Huson, O. Kohlbacher, A. Lupas, K. Nieselt, & A. Zell (Eds.), German Conference on Bioinformatics 2006 (GCB 2006) (pp. 104-113). Bonn, Germany: Gesellschaft für Informatik.

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GCB-2006-Raetsch.pdf (beliebiger Volltext), 346KB
Name:
GCB-2006-Raetsch.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Keine Angabe
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Rätsch, G1, Autor           
Hepp , B, Autor
Schulze , U1, Autor
Ong, CS2, 3, Autor           
Affiliations:
1Friedrich Miescher Laboratory, Max Planck Society, Max-Planck-Ring 9, 72076 Tübingen, DE, ou_2575692              
2Department Empirical Inference, Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Max Planck Society, ou_1497795              
3Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Max Planck Society, Spemannstrasse 38, 72076 Tübingen, DE, ou_1497794              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Despite many years of research on how to properly align sequences in the presence of sequencing errors, alternative splicing and
micro-exons, the correct alignment of mRNA sequences to genomic DNA is
still a challenging task. We present a novel approach based on large
margin learning that combines kernel based splice site predictions
with common sequence alignment techniques. By solving a convex
optimization problem, our algorithm -- called PALMA -- tunes the
parameters of the model such that the true alignment scores higher
than all other alignments. In an experimental study on the alignments
of mRNAs containing artificially generated micro-exons, we show that
our algorithm drastically outperforms all other methods: It perfectly
aligns all 4358 sequences on an hold-out set, while the best other
method misaligns at least 90 of them. Moreover, our algorithm is very
robust against noise in the query sequence: when deleting, inserting,
or mutating up to 50 of the query sequence, it still aligns 95 of
all sequences correctly, while other methods achieve less than 36
accuracy. For datasets, additional results and a stand-alone
alignment tool see
http://www.fml.mpg.de/raetsch/projects/palma.

Details

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Sprache(n):
 Datum: 2006-09
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: BibTex Citekey: 4157
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Titel: German Conference on Bioinformatics (GCB 2006)
Veranstaltungsort: Tübingen, Germany
Start-/Enddatum: 2006-09-19 - 2006-09-22

Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: German Conference on Bioinformatics 2006 (GCB 2006)
Genre der Quelle: Konferenzband
 Urheber:
Huson, D, Herausgeber
Kohlbacher, O, Herausgeber
Lupas, A, Herausgeber
Nieselt, K, Herausgeber
Zell, A, Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: Bonn, Germany : Gesellschaft für Informatik
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: 104 - 113 Identifikator: ISBN: 978-3-88579-177-5