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  Four high-quality draft genome assemblies of the marine heterotrophic nanoflagellate Cafeteria roenbergensis

Hackl, T., Martin, R., Barenhoff, K., Duponchel, S., Heider, D., & Fischer, M. G. (2020). Four high-quality draft genome assemblies of the marine heterotrophic nanoflagellate Cafeteria roenbergensis. Scientific Data, 7: 29, pp. 1-9. doi:10.1038/s41597-020-0363-4.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0005-8542-A Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0005-8543-9
Genre: Zeitschriftenartikel

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SciData_7_2020_29.pdf (beliebiger Volltext), 2MB
 
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SciData_7_2020_29.pdf
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Eingeschränkt (Max Planck Institute for Medical Research, MHMF; )
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SciData_7_2020_29_Suppl.pdf (Ergänzendes Material), 4MB
 
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SciData_7_2020_29_Suppl.pdf
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Eingeschränkt (Max Planck Institute for Medical Research, MHMF; )
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https://www.nature.com/articles/s41597-020-0363-4.pdf (beliebiger Volltext)
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https://doi.org/10.1038/s41597-020-0363-4 (beliebiger Volltext)
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Urheber

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 Urheber:
Hackl, Thomas1, Autor           
Martin, Roman, Autor
Barenhoff, Karina1, Autor           
Duponchel, Sarah1, Autor           
Heider, Dominik, Autor
Fischer, Matthias G.1, Autor           
Affiliations:
1Department of Biomolecular Mechanisms, Max Planck Institute for Medical Research, Max Planck Society, ou_1497700              

Inhalt

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Schlagwörter: Comparative genomics ; Fungal genomics
 Zusammenfassung: The heterotrophic stramenopile Cafeteria roenbergensis is a globally distributed marine bacterivorous protist. This unicellular flagellate is host to the giant DNA virus CroV and the virophage mavirus. We sequenced the genomes of four cultured C. roenbergensis strains and generated 23.53 Gb of Illumina MiSeq data (99–282 × coverage per strain) and 5.09 Gb of PacBio RSII data (13–45 × coverage). Using the Canu assembler and customized curation procedures, we obtained high-quality draft genome assemblies with a total length of 34–36 Mbp per strain and contig N50 lengths of 148 kbp to 464 kbp. The C. roenbergensis genome has a GC content of ~70%, a repeat content of ~28%, and is predicted to contain approximately 7857–8483 protein-coding genes based on a combination of de novo, homology-based and transcriptome-supported annotation. These first high-quality genome assemblies of a bicosoecid fill an important gap in sequenced stramenopile representatives and enable a more detailed evolutionary analysis of heterotrophic protists.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2019-09-192019-12-132020-01-21
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: 9
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.1038/s41597-020-0363-4
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Scientific Data
  Kurztitel : Sci. Data
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: London, United Kingdom : Nature Publishing Group
Seiten: - Band / Heft: 7 Artikelnummer: 29 Start- / Endseite: 1 - 9 Identifikator: ISSN: 2052-4463
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/2052-4463