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  Enzymatic ligation strategies for the preparation of purine riboswitches with site-specific chemical modifications.

Rieder, R., Hoebartner, C., & Micura, R. (2009). Enzymatic ligation strategies for the preparation of purine riboswitches with site-specific chemical modifications. In A. Serganov (Ed.), Riboswitches: Methods and protocols (pp. 15-24). New York, N.Y.: Humana Pr. doi:10.1007/978-1-59745-558-9_2.

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603127.pdf (Verlagsversion), 323KB
 
Datei-Permalink:
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Name:
603127.pdf
Beschreibung:
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OA-Status:
Sichtbarkeit:
Eingeschränkt (UNKNOWN id 303; )
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
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Lizenz:
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Urheber

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 Urheber:
Rieder, R., Autor
Hoebartner, C.1, Autor           
Micura, R., Autor
Affiliations:
1Research Group of Nucleic Acid Chemistry, MPI for biophysical chemistry, Max Planck Society, ou_578605              

Inhalt

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Schlagwörter: Ligation - Riboswitch - Aminopurine - RNA modification
 Zusammenfassung: One of the most versatile riboswitch classes refers to purine nucleoside metabolism. In the cell, purine riboswitches of the respective mRNAs either act at the transcriptional or translational level and off- or on-regulate genes upon binding to their dedicated ligands. Biophysical studies on ligand-induced folding of these RNA domains in vitro contribute to understanding their regulation mechanisms in vivo. For such studies, in particular, for approaches using fluorescence spectroscopy, the preparation of large RNAs with site-specific chemical modifications is required. Here, we describe a strategy for the preparation of riboswitch aptamers and aptamers adjoined to their expression platforms by chemical synthesis and enzymatic ligation. The modular design enables fast access to a large number of purine riboswitch derivatives with the modification of interest at any strand position. We exemplarily provide a detailed protocol for the preparation of adenosine deaminase (add) A-riboswitch variants with 2-aminopurine (AP) modifications at the 40-nmol scale.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2009-05-012009
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: eDoc: 430538
DOI: 10.1007/978-1-59745-558-9_2
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Riboswitches: Methods and protocols
Genre der Quelle: Buch
 Urheber:
Serganov, A., Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: New York, N.Y. : Humana Pr.
Seiten: XI, 366 Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: 15 - 24 Identifikator: ISBN: 978-1-934115-88-6

Quelle 2

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Titel: Methods in molecular biology
Genre der Quelle: Reihe
 Urheber:
Walker, J. M., Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 540 Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: -