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  SynGO: An evidence-based, expert-curated knowledge base for the synapse.

Koopmans, F., van Nierop, P., Andres-Alonso, M., Byrnes, A., Cijsouw, T., Coba, M. P., Cornelisse, L. N., Farrell, R. J., Goldschmidt, H. L., Howrigan, D. P., Hussain, N. K., Imig, C., de Jong, A. P. H., Jung, H., Kohansalnodehi, M., Kramarz, B., Lipstein, N., Lovering, R. C., MacGillavry, H., Mariano, V., Mi, H., Ninov, M., Osumi-Sutherland, D., Pielot, R., Smalla, K. H., Tang, H., Tashman, K., Toonen, R. F. G., Verpelli, C., Reig-Viader, R., Watanabe, K., van Weering, J., Achsel, T., Ashrafi, G., Asi, N., Brown, T. C., De Camilli, P., Feuermann, M., Foulger, R. E., Gaudet, P., Joglekar, A., Kanellopoulos, A., Malenka, R., Nicoll, R. A., Pulido, C., de Juan-Sanz, J., Sheng, M., Südhof, T. C., Tilgner, H. U., Bagni, C., Bayés, A., Biederer, T., Brose, N., Chua, J. J. E., Dieterich, D. C., Gundelfinger, E. D., Hoogenraad, C., Huganir, R. L., Jahn, R., Kaeser, P. S., Kim, E., Kreutz, M. R., McPherson, P. S., Neale, B. M., O’Connor, V., Posthuma, D., Ryan, T. A., Sala, C., Feng, G., Hyman, S. E., Thomas, P. D., Smit, A. B., & Verhage, M. (2019). SynGO: An evidence-based, expert-curated knowledge base for the synapse. Neuron, 103(2), 217-234. doi:10.1016/j.neuron.2019.05.002.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0003-CC1F-6 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0004-4BB1-0
資料種別: 学術論文

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作成者

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 作成者:
Koopmans, F., 著者
van Nierop, P., 著者
Andres-Alonso, M., 著者
Byrnes, A., 著者
Cijsouw, T., 著者
Coba, M. P., 著者
Cornelisse, L. N., 著者
Farrell, R. J., 著者
Goldschmidt, H. L., 著者
Howrigan, D. P., 著者
Hussain, N. K., 著者
Imig, C., 著者
de Jong, A. P. H., 著者
Jung, H., 著者
Kohansalnodehi, M.1, 著者           
Kramarz, B., 著者
Lipstein, N., 著者
Lovering, R. C., 著者
MacGillavry, H., 著者
Mariano, V., 著者
Mi, H., 著者Ninov, M.1, 著者           Osumi-Sutherland, D., 著者Pielot, R., 著者Smalla, K. H., 著者Tang, H., 著者Tashman, K., 著者Toonen, R. F. G., 著者Verpelli, C., 著者Reig-Viader, R., 著者Watanabe, K., 著者van Weering, J., 著者Achsel, T., 著者Ashrafi, G., 著者Asi, N., 著者Brown, T. C., 著者De Camilli, P., 著者Feuermann, M., 著者Foulger, R. E., 著者Gaudet, P., 著者Joglekar, A., 著者Kanellopoulos, Al., 著者Malenka, R., 著者Nicoll, R. A., 著者Pulido, C., 著者de Juan-Sanz, J., 著者Sheng, M., 著者Südhof, T. C., 著者Tilgner, H. U., 著者Bagni, C., 著者Bayés, A., 著者Biederer, T., 著者Brose, N., 著者Chua, J. J. E., 著者Dieterich, D. C., 著者Gundelfinger, E. D., 著者Hoogenraad, C., 著者Huganir, R. L., 著者Jahn, R.2, 著者           Kaeser, P. S., 著者Kim, E., 著者Kreutz, M. R., 著者McPherson, P. S., 著者Neale, B. M., 著者O’Connor, V., 著者Posthuma, D., 著者Ryan, T. A., 著者Sala, C., 著者Feng, G., 著者Hyman, S. E., 著者Thomas, P. D., 著者Smit, A. B., 著者Verhage, M., 著者 全て表示
所属:
1Department of Neurobiology, MPI for Biophysical Chemistry, Max Planck Society, ou_578595              
2Department of Neurobiology, MPI for biophysical chemistry, Max Planck Society, ou_578595              

内容説明

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キーワード: Gene Ontology; enrichment study; gene annotation; gene set analysis; synapse; synaptic plasticity; synaptic proteome network; synaptome; synaptopathies
 要旨: Synapses are fundamental information-processing units of the brain, and synaptic dysregulation is central to many brain disorders (“synaptopathies”). However, systematic annotation of synaptic genes and ontology of synaptic processes are currently lacking. We established SynGO, an interactive knowledge base that accumulates available research about synapse biology using Gene Ontology (GO) annotations to novel ontology terms: 87 synaptic locations and 179 synaptic processes. SynGO annotations are exclusively based on published, expert-curated evidence. Using 2,922 annotations for 1,112 genes, we show that synaptic genes are exceptionally well conserved and less tolerant to mutations than other genes. Many SynGO terms are significantly overrepresented among gene variations associated with intelligence, educational attainment, ADHD, autism, and bipolar disorder and among de novo variants associated with neurodevelopmental disorders, including schizophrenia. SynGO is a public, universal reference for synapse research and an online analysis platform for interpretation of large-scale -omics data (https://syngoportal.org and http://geneontology.org).

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2019-06-032019-07-17
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: 査読あり
 識別子（DOI, ISBNなど）: DOI: 10.1016/j.neuron.2019.05.002
 学位: -

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出版物 1

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出版物名: Neuron
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: -
ページ: - 巻号: 103 (2) 通巻号: - 開始・終了ページ: 217 - 234 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: -