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  PureCLIP: Capturing target-specific protein-RNA interaction footprints from single-nucleotide CLIP-seq data

Krakau, S., Richard, H., & Marsico, A. (2017). PureCLIP: Capturing target-specific protein-RNA interaction footprints from single-nucleotide CLIP-seq data. Genome Biology, 18(1): 1:240. doi:10.1186/s13059-017-1364-2.

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Basisdaten

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Genre: Zeitschriftenartikel

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:
Krakau.pdf (Verlagsversion), 2MB
Name:
Krakau.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
© The Author(s) 2017

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Krakau, Sabrina, Autor
Richard, Hugues, Autor
Marsico, Annalisa1, Autor           
Affiliations:
1RNA Bioinformatics (Annalisa Marsico), Independent Junior Research Groups (OWL), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_2117285              

Inhalt

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Schlagwörter: Crosslink sites; Hidden Markov model; Protein–RNA interaction; eCLIP-seq; iCLIP-seq
 Zusammenfassung: The iCLIP and eCLIP techniques facilitate the detection of protein-RNA interaction sites at high resolution, based on diagnostic events at crosslink sites. However, previous methods do not explicitly model the specifics of iCLIP and eCLIP truncation patterns and possible biases. We developed PureCLIP ( https://github.com/skrakau/PureCLIP ), a hidden Markov model based approach, which simultaneously performs peak-calling and individual crosslink site detection. It explicitly incorporates a non-specific background signal and, for the first time, non-specific sequence biases. On both simulated and real data, PureCLIP is more accurate in calling crosslink sites than other state-of-the-art methods and has a higher agreement across replicates.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2017-11-242017-12-28
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: DOI: 10.1186/s13059-017-1364-2
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Genome Biology
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: London : BioMed Central Ltd.
Seiten: - Band / Heft: 18 (1) Artikelnummer: 1:240 Start- / Endseite: - Identifikator: ISSN: 1465-6906
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/1000000000224390_1