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  Transcriptome surveillance by selective termination of noncoding RNA synthesis

Schulz, D., Schwalb, B., Kiesel, A., Baejen, C., Torkler, P., Gagneur, J., et al. (2013). Transcriptome surveillance by selective termination of noncoding RNA synthesis. Cell, 155(5), 1075-1087. doi:10.1016/j.cell.2013.10.024.

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1922349.pdf (Verlagsversion), 4MB
Name:
1922349.pdf
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Öffentlich
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application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
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-

Urheber

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 Urheber:
Schulz, D., Autor
Schwalb, B., Autor
Kiesel, A., Autor
Baejen, C., Autor
Torkler, P., Autor
Gagneur, J., Autor
Söding, J.1, Autor           
Cramer, P.2, Autor           
Affiliations:
1Research Group of Computational Biology, MPI for Biophysical Chemistry, Max Planck Society, ou_1933286              
2Department of Molecular Biology, MPI for Biophysical Chemistry, Max Planck Society, ou_1863498              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Pervasive transcription of eukaryotic genomes stems to a large extent from bidirectional promoters that synthesize mRNA and divergent noncoding RNA (ncRNA). Here, we show that ncRNA transcription in the yeast S. cerevisiae is globally restricted by early termination that relies on the essential RNA-binding factor Nrd1. Depletion of Nrd1 from the nucleus results in 1,526 Nrd1-unterminated transcripts (NUTs) that originate from nucleosome-depleted regions (NDRs) and can deregulate mRNA synthesis by antisense repression and transcription interference. Transcriptome-wide Nrd1-binding maps reveal divergent NUTs at most promoters and antisense NUTs in most 30 regions of genes. Nrd1 and its partner Nab3 preferentially bind RNA motifs that are depleted in mRNAs and enriched in ncRNAs and some mRNAs whose synthesis is controlled by transcription attenuation. These results define a global mechanism for transcriptome surveillance that selectively terminates ncRNA synthesis to provide promoter directionality and to suppress antisense transcription.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2013-11-07
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.1016/j.cell.2013.10.024
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Cell
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
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Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 155 (5) Artikelnummer: - Start- / Endseite: 1075 - 1087 Identifikator: -