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Sprache(n):
eng - English
Datum:
2018-10-102018-10-10
Publikationsstatus:
Erschienen
Seiten:
136
Ort, Verlag, Ausgabe:
Lübeck : University of Lübeck
Inhaltsverzeichnis:
Contents
Abstract III
Zusammenfassung V
Abbreviations IX
1 Introduction 1
1.1 Structure of this thesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.2 Population genetics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.2.1 Idealized populations and the Wright-Fisher model . . . . . . . . 3
1.2.2 Coalescent theory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
1.2.3 Homologous recombination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
1.3 Daphnia pulex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2 Software, Methods and Data 13
2.1 Reconstruction of haplotypes with fastPHASE . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.2 LDhat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.2.1 Estimation of recombination rates with LDhat interval . . . . . 13
2.2.2 Simulation of haplotype data with LDhat fin . . . . . . . . . . . 14
2.3 Daphnia pulex data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
3 Results 17
3.1 Estimation of recombination rates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
3.1.1 Simulated data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
3.1.2 Daphnia pulex data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.2 Recombination rates near genes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
3.3 Identification of recombination hotspots . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
3.3.1 Simulated data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
3.3.2 Candidate hotspot regions in Daphnia pulex . . . . . . . . . . . . 32
4 Discussion 37
4.1 Future work . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
4.2 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Acknowledgments 43
References 45
5 Appendix 57
Art der Begutachtung:
-
Identifikatoren:
Anderer: Dipl/13100
Art des Abschluß:
Master