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  Electrophysiological, transcriptomic and morphologic profiling of single neurons using Patch-seq

Cadwell, C., Palasantza, A., Jiang, X., Berens, P., Deng, Q., Yilmaz, M., Reimer, J., Shen, S., Bethge, M., Tolias, K., Sandberg, R., & Tolias, A. (2016). Electrophysiological, transcriptomic and morphologic profiling of single neurons using Patch-seq. Nature Biotechnology, 34(2), 199-203. doi:10.1038/nbt.3445.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0000-7A28-B 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0000-7A29-A
資料種別: 学術論文

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作成者

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 作成者:
Cadwell, CR, 著者
Palasantza, A, 著者
Jiang, X, 著者
Berens, P1, 2, 著者           
Deng, Q, 著者
Yilmaz, M, 著者
Reimer, J, 著者
Shen, S, 著者
Bethge, M1, 2, 著者           
Tolias, KF, 著者
Sandberg, R, 著者
Tolias, AS2, 3, 著者           
所属:
1Research Group Computational Vision and Neuroscience, Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Max Planck Society, ou_1497805              
2Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Max Planck Society, ou_1497794              
3Department Physiology of Cognitive Processes, Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Max Planck Society, ou_1497798              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: Despite the importance of the mammalian neocortex for complex cognitive processes, we still lack a comprehensive description of its cellular components. To improve the classification of neuronal cell types and the functional characterization of single neurons, we present Patch-seq, a method that combines whole-cell electrophysiological patch-clamp recordings, single-cell RNA-sequencing and morphological characterization. Following electrophysiological characterization, cell contents are aspirated through the patch-clamp pipette and prepared for RNA-sequencing. Using this approach, we generate electrophysiological and molecular profiles of 58 neocortical cells and show that gene expression patterns can be used to infer the morphological and physiological properties such as axonal arborization and action potential amplitude of individual neurons. Our results shed light on the molecular underpinnings of neuronal diversity and suggest that Patch-seq can facilitate the classification of cell types in the nervous system.

資料詳細

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 日付: 2016-02
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: -
 識別子(DOI, ISBNなど): DOI: 10.1038/nbt.3445
BibTex参照ID: CadwellPJBDYRSBTST2015
 学位: -

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出版物 1

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出版物名: Nature Biotechnology
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: -
ページ: - 巻号: 34 (2) 通巻号: - 開始・終了ページ: 199 - 203 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): -