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  Pindel: a pattern growth approach to detect break points of large deletions and medium sized insertions from paired-end short reads.

Ye, K., Schulz, M. H., Long, Q., Apweiler, R., & Ning, Z. (2009). Pindel: a pattern growth approach to detect break points of large deletions and medium sized insertions from paired-end short reads. Bioinformatics, 25(21), 2865-2871. doi:10.1093/bioinformatics/btp394.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-7D68-D Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-7D69-B
Genre: Zeitschriftenartikel
Alternativer Titel : Bioinformatics

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:
2865.pdf (beliebiger Volltext), 544KB
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Datei-Permalink:
https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-7D67-F
Name:
2865.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
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Copyright Datum:
-
Copyright Info:
eDoc_access: PUBLIC
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Ye, Kai, Autor
Schulz, Marcel H.1, Autor
Long, Quan, Autor
Apweiler, Rolf, Autor
Ning, Zemin, Autor
Affiliations:
1Max Planck Society, ou_persistent13              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Motivation: There is a strong demand in the genomic community to develop effective algorithms to reliably identify genomic variants. Indel detection using next-gen data is difficult and identification of long structural variations is extremely challenging. Results: We present Pindel, a pattern growth approach, to detect breakpoints of large deletions and medium-sized insertions from paired-end short reads. We use both simulated reads and real data to demonstrate the efficiency of the computer program and accuracy of the results.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2009-06-26
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: eDoc: 451276
URI: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/btp394
DOI: 10.1093/bioinformatics/btp394
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Bioinformatics
  Alternativer Titel : Bioinformatics
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 25 (21) Artikelnummer: - Start- / Endseite: 2865 - 2871 Identifikator: ISSN: 1367-4803