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  A Combinatorial Approach to Protein Docking with Flexible Side-Chains

Althaus, E., Kohlbacher, O., Lenhof, H.-P., & Müller, P. (2000). A Combinatorial Approach to Protein Docking with Flexible Side-Chains. In R., Shamir, S., Miyano, S., Istrail, P., Pevzner, & M., Waterman (Eds.), Proceedings of the 4th Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB-00) (pp. 15-24). New York, USA: ACM Press.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-000F-3367-5 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-000F-3368-3
資料種別: 会議論文

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作成者

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 作成者:
Althaus, Ernst1, 著者           
Kohlbacher, Oliver1, 著者           
Lenhof, Hans-Peter1, 著者           
Müller, Peter1, 著者           
所属:
1Algorithms and Complexity, MPI for Informatics, Max Planck Society, ou_24019              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: \begin{abstract} Rigid body docking approaches are not sufficient to predict the structure of a protein complex from the unbound (native) structures of the two proteins. Accounting for side--chain flexibility is an important step towards fully flexible protein docking. This work describes an approach that allows conformational flexibility for the side--chains while keeping the protein backbone rigid. Starting from candidates created by a rigid docking algorithm, we demangle the side--chains of the docking site, thus creating reasonable approximations of the true complex structure. These structures are ranked with respect to the binding free energy. We present two new techniques for side--chain demangling. Both approaches are based on a discrete representation of the side--chain conformational space by the use of a rotamer library. This leads to a combinatorial optimization problem. For the solution of this problem we propose a fast heuristic approach and an exact, albeit slower method using branch--\&--cut techniques. As a test set we use the unbound structures of three proteases and the corresponding protein inhibitors. For each of the examples the highest--ranking conformation produced was a good approximation of the true complex structure. \end{abstract}

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2010-03-022000
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: New York, USA : ACM Press
 目次: -
 査読: -
 識別子（DOI, ISBNなど）: eDoc: 518088
その他: Local-ID: C1256428004B93B8-DE51DBE5613893BDC12568C40036D525-AKL+2000
 学位: -

関連イベント

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イベント名: Untitled Event
開催地: Tokyo, Japan
開始日・終了日: -

訴訟

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Project information

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出版物 1

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出版物名: Proceedings of the 4th Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB-00)
種別: 会議論文集
 著者・編者:
Shamir, Ron, 編集者
Miyano, Satoru, 編集者
Istrail, Sorin, 編集者
Pevzner, Pavel, 編集者
Waterman, Michael, 編集者
所属:
-
出版社, 出版地: New York, USA : ACM Press
ページ: - 巻号: - 通巻号: - 開始・終了ページ: 15 - 24 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISBN: 1-58113-186-0