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  q-gram Based Database Searching Using a Suffix Array (QUASAR)

Burkhardt, S., Crauser, A., Ferragina, P., Lenhof, H.-P., Rivals, E., & Vingron, M. (1999). q-gram Based Database Searching Using a Suffix Array (QUASAR). In S., Istrail, P., Pevzner, & M., Waterman (Eds.), Proceedings of the 3rd Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB-99) (pp. 77-83). New York, USA: ACM.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-000F-3606-7 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-000F-3607-5
資料種別: 会議論文

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作成者

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 作成者:
Burkhardt, Stefan1, 著者           
Crauser, Andreas1, 著者           
Ferragina, Paolo1, 著者           
Lenhof, Hans-Peter1, 著者           
Rivals, Eric1, 著者           
Vingron, Martin, 著者
所属:
1Algorithms and Complexity, MPI for Informatics, Max Planck Society, ou_24019              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: With the increasing amount of DNA sequence information deposited in our databases searching for similarity to a query sequence has become a basic operation in molecular biology. But even todays fast algorithms reach their limits when applied to all-versus-all comparisons of large databases. Here we present a new data base searching algorithm dubbed QUASAR (Q-gram Alignment based on Suffix ARrays) which was designed to quickly detect sequences with strong similarity to the query in a context where many searches are conducted on one database. Our algorithm applies a modification of $q$-tuple filtering implemented on top of a suffix array. Two versions were developed, one for a RAM resident suffix array and one for access to the suffix array on disk. We compared our implementation with BLAST and found that our approach is an order of magnitude faster. It is, however, restricted to the search for strongly similar DNA sequences as is typically required, e.g., in the context of clustering expressed sequence tags (ESTs).

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2010-03-021999
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: New York, USA : ACM
 目次: -
 査読: -
 識別子（DOI, ISBNなど）: eDoc: 518074
その他: Local-ID: C1256428004B93B8-5611988C44151F5CC12568B200520F68-Burkhardt1999/1
 学位: -

関連イベント

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イベント名: Untitled Event
開催地: Lyon, France
開始日・終了日: 1999

訴訟

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Project information

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出版物 1

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出版物名: Proceedings of the 3rd Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB-99)
種別: 会議論文集
 著者・編者:
Istrail, Sorin, 編集者
Pevzner, Pavel, 編集者
Waterman, Michael, 編集者
所属:
-
出版社, 出版地: New York, USA : ACM
ページ: - 巻号: - 通巻号: - 開始・終了ページ: 77 - 83 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISBN: 1-58113-069-4