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  HHfrag: HMM-based fragment detection using HHpred

Kalev, I., & Habeck, M. (2011). HHfrag: HMM-based fragment detection using HHpred. Bioinformatics, 27(22), 3110-3116. doi:10.1093/bioinformatics/btr541.

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基本情報

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資料種別: 学術論文

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作成者

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 作成者:
Kalev, I.1, 著者           
Habeck, M.1, 著者           
所属:
1Dept. Empirical Inference, Max Planck Institute for Intelligent Systems, Max Planck Society, ou_1497647              

内容説明

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キーワード: MPI für Intelligente Systeme; Abt. Schölkopf;
 要旨: Motivation: Over the last decade, both static and dynamic fragment libraries for protein structure prediction have been introduced. The former are built from clusters in either sequence or structure space and aim to extract a universal structural alphabet. The latter are tailored for a particular query protein sequence and aim to provide local structural templates that need to be assembled in order to build the full-length structure. Results: Here, we introduce HHfrag, a dynamic HMM-based fragment search method built on the profile–profile comparison tool HHpred. We show that HHfrag provides advantages over existing fragment assignment methods in that it: (i) improves the precision of the fragments at the expense of a minor loss in sequence coverage; (ii) detects fragments of variable length (6–21 amino acid residues); (iii) allows for gapped fragments and (iv) does not assign fragments to regions where there is no clear sequence conservation. We illustrate the usefulness of fragments detected by HHfrag on targets from most recent CASP.

資料詳細

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言語:
 日付: 2011-11-01
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: -
 識別子(DOI, ISBNなど): eDoc: 596123
URI: http://www.kyb.tuebingen.mpg.de/
その他: KalevH2011
DOI: 10.1093/bioinformatics/btr541
 学位: -

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訴訟

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出版物 1

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出版物名: Bioinformatics
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: -
ページ: 6 巻号: 27 (22) 通巻号: - 開始・終了ページ: 3110 - 3116 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): -