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  Construction and characterization of a sugar beet (Beta vulgaris) fosmid library

Lange, C., Holtgräwe, D., Schulz, B., Weisshaar, B., & Himmelbauer, H. (2008). Construction and characterization of a sugar beet (Beta vulgaris) fosmid library. Genome, 51(11), 948-951.

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Item Permalink: http://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-7EBC-7 Version Permalink: http://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-7EBD-5
Genre: Journal Article

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 Creators:
Lange, Cornelia1, Author              
Holtgräwe, Daniela, Author
Schulz, Britta, Author
Weisshaar, Bernd, Author
Himmelbauer, Heinz1, Author              
Affiliations:
1Dept. of Vertebrate Genomics (Head: Hans Lehrach), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1433550              

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Free keywords: -
 Abstract: A sugar beet (Beta vulgaris) fosmid library from the doubled haploid accession KWS2320 encompassing 115 200 independent clones was constructed and characterized. The average insert size of the fosmid library was determined by pulsed field gel electrophoresis to be 39 kbp on average, thus representing 5.9-fold coverage of the sugar beet genome (758 Mbp). PCR screening of plate pools with primer pairs against nine sugar beet genes supported the insert size estimation. BLAST searches with 2951 fosmid end-sequences originating from 1510 clones (1536 clones attempted) revealed little contamination with organellar DNA (2.1% chloroplast DNA, 0.3% mitochondrial DNA). The sugar beet fosmid library will be integrated in the presently ongoing efforts to determine the sequence of the sugar beet genome. Fosmids will be publicly available in the format of plate pools and individual clones. Une banque de fosmides comptant 115 200 clones indépendants issus de l#x2019;ADN de l#x2019;accession haploïde doublée KWS2320 de la betterave sucrière (Beta vulgaris) a été produite et caractérisée. La taille moyenne des inserts de la banque de fosmides a été évaluée à 39 kb en moyenne par électrophorèse en champs pulsés, ce qui suggère une couverture de 5,9 fois le génome de la betterave sucrière (758 Mb). Un criblage PCR des pools de plaques avec des amorces amplifiant neuf gènes de la betterave sucrière a permis de confirmer l#x2019;estimé de la taille des inserts. Des recherches BLAST avec 2951 séquences terminales de fosmides provenant de 1510 clones (sur 1536 analyses tentées) ont révélé peu de contamination avec l#x2019;ADN des organites (2,1 % de séquences chloroplastiques, 0,3 % de séquences mitochondriales). Cette banque de fosmides de la betterave sucrière sera intégrée dans les efforts en cours en vue du séquençage du génome de la betterave sucrière. Les fosmides seront disponibles sous la forme de pools de plaques ou de clones individuels.

Details

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Language(s): eng - English
 Dates: 2008-11
 Publication Status: Published in print
 Pages: -
 Publishing info: -
 Table of Contents: -
 Rev. Type: -
 Identifiers: eDoc: 411035
 Degree: -

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Source 1

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Title: Genome
Source Genre: Journal
 Creator(s):
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Publ. Info: -
Pages: - Volume / Issue: 51 (11) Sequence Number: - Start / End Page: 948 - 951 Identifier: ISSN: 0831-2796