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  Fast and adaptive variable order Markov chain construction

Schulz, M. H., Weese, D., Rausch, T., Döring, A., Reinert, K., & Vingron, M. (2008). Fast and adaptive variable order Markov chain construction. In K. A. Crandall, & J. Lagergren (Eds.), Algorithms in Bioinformatics (pp. 306-317). Berlin / Heidelberg: Springer.

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Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Schulz, Marcel H.1, Autor
Weese, David, Autor
Rausch, Tobias2, Autor           
Döring, Andreas, Autor
Reinert, Knut, Autor
Vingron, Martin3, Autor           
Affiliations:
1Max Planck Society, ou_persistent13              
2IMPRS for Computational Biology and Scientific Computing - IMPRS-CBSC (Kirsten Kelleher), Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1479666              
3Gene regulation (Martin Vingron), Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1479639              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Variable order Markov chains (VOMCs) are a flexible class of models that extend the well-known Markov chains. They have been applied to a variety of problems in computational biology, e.g. protein family classification. A linear time and space construction algorithm has been published in 2000 by Apostolico and Bejerano. However, neither a report of the actual running time nor an implementation of it have been published since. In this paper we use the lazy suffix tree and the enhanced suffix array to improve upon the algorithm of Apostolico and Bejerano. We introduce a new software which is orders of magnitude faster than current tools for building VOMCs, and is suitable for large scale sequence analysis.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2008-09-18
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Algorithms in Bioinformatics
Genre der Quelle: Buch
 Urheber:
Crandall, Keith A., Herausgeber
Lagergren, Jens, Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: Berlin / Heidelberg : Springer
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: 306 - 317 Identifikator: ISBN: 978-3-540-87360-0

Quelle 2

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Titel: Lecture Notes in Computer Science : Subseries of Lecture Notes in Computer Science
Genre der Quelle: Reihe
 Urheber:
Istrail, S., Herausgeber
Pevzner, P., Herausgeber
M.Waterman, and, Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 5251 Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: -