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  Single-nucleotide polymorphisms: analysis by mass spectrometry

Sauer, S., Reinhardt, R., Lehrach, H., & Gut, I. G. (2006). Single-nucleotide polymorphisms: analysis by mass spectrometry. Nature Protocols, 1(4), 1761-1771. doi:10.1038/nprot.2006.257.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: http://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-8516-6 Versions-Permalink: http://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-8517-4
Genre: Zeitschriftenartikel

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:
Sauer.pdf (beliebiger Volltext), 336KB
Name:
Sauer.pdf
Beschreibung:
-
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
eDoc_access: PUBLIC
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Sauer, Sascha1, Autor              
Reinhardt, Richard2, Autor              
Lehrach, Hans3, Autor              
Gut, Ivo G., Autor
Affiliations:
1Nutrigenomics and Gene Regulation (Sascha Sauer), Independent Junior Research Groups (OWL), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1479662              
2High Throughput Technologies, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1433552              
3Dept. of Vertebrate Genomics (Head: Hans Lehrach), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1433550              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Matrix-assisted laser desorption-ionization (MALDI) mass spectrometry has evolved as a powerful method for analyzing nucleic acids. Here we provide protocols for genotyping single-nucleotide polymorphisms (SNPs) by MALDI based on PCR and primer extension to generate allele-specific products. Furthermore, we present three different approaches for sample preparation of primer-extension products before MALDI analysis and discuss their potential areas of application. The first approach, the 'GOOD' assay, is a purification-free procedure that uses DNA-modification chemistry, including alkylation of phosphorothioate linkages in the extension primers. The other two approaches use either solid-phase extraction or microarray purification for the purification of primer-extension products. Depending on the reaction steps of the various approaches, the protocols take about 6–8 hours.

Details

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Sprache(n): eng - Englisch
 Datum: 2006
 Publikationsstatus: Im Druck publiziert
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: eDoc: 312540
DOI: 10.1038/nprot.2006.257
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Nature Protocols
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 1 (4) Artikelnummer: - Start- / Endseite: 1761 - 1771 Identifikator: ISSN: 1754-2189