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  Annotating significant pairs of transcription factor binding sites in regulatory DNA

Rateitschak, K., Mueller, T., & Vingron, M. (2004). Annotating significant pairs of transcription factor binding sites in regulatory DNA. Special Issue: Ontology Workshop Tokyo 2003, 0040-0040.

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基本情報

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資料種別: 学術論文
その他のタイトル : In Silico Biol

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作成者

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 作成者:
Rateitschak, Katja1, 著者
Mueller, Tobias1, 著者
Vingron, Martin2, 著者           
所属:
1Max Planck Society, ou_persistent13              
2Gene regulation (Martin Vingron), Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1479639              

内容説明

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キーワード: recognition of genes and regulatory elements, transcription factor binding site, score matrix.
 要旨: In the presented work we search for transcription factor binding sites (BS) by including additional information about typical BS patterns. The new proposed score combines the ordinary profile score based on TRANSFAC-matrices together with a score based on pairs of BS. The latter score positively weights pairs of BS that tend to occur together in many regulatory DNA-sequences, in contrast to a random background model. The empirical BS pair frequencies result from our evaluation of a large dataset of orthologous genes.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2004-08-20
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: -
 識別子(DOI, ISBNなど): eDoc: 229451
 学位: -

関連イベント

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訴訟

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Project information

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出版物 1

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出版物名: Special Issue: Ontology Workshop Tokyo 2003
種別: 特集号
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: -
ページ: - 巻号: - 通巻号: - 開始・終了ページ: 0040 - 0040 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): -

出版物 2

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出版物名: In Silico Biology : an International Journal on Computational Molecular Biology
  出版物の別名 : In Silico Biol
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: -
ページ: - 巻号: 4 通巻号: - 開始・終了ページ: - 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): ISSN: 1386-6338