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  FaST linear mixed models for genome-wide association studies

Lippert, C., Listgarten, J., Liu, Y., Kadie, C., Davidson, R., & Heckerman, D. (2011). FaST linear mixed models for genome-wide association studies. Nature Methods, 8(10), 833-835. doi:10.1038/nmeth.1681.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0013-B97E-4 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0001-B006-1
資料種別: 学術論文

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URL:
https://www.nature.com/articles/nmeth.1681.pdf (出版社版)
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 作成者:
Lippert, C1, 2, 著者           
Listgarten, J, 著者
Liu, Y, 著者
Kadie , CM, 著者
Davidson, RI, 著者
Heckerman, D, 著者
所属:
1Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Max Planck Society, ou_1497794              
2Former Research Group Machine Learning and Computational Biology, Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Max Planck Society, Spemannstrasse 38, 72076 Tübingen, DE, ou_2528696              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: We describe factored spectrally transformed linear mixed models (FaST-LMM), an algorithm for genome-wide association studies (GWAS) that scales linearly with cohort size in both run time and memory use. On Wellcome Trust data for 15,000 individuals, FaST-LMM ran an order of magnitude faster than current efficient algorithms. Our algorithm can analyze data for 120,000 individuals in just a few hours, whereas current algorithms fail on data for even 20,000 individuals (http://mscompbio.codeplex.com/).

資料詳細

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言語:
 日付: 2011-10
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: -
 識別子（DOI, ISBNなど）: DOI: 10.1038/nmeth.1681
BibTex参照ID: LippertLLKDH2011
 学位: -

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出版物 1

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出版物名: Nature Methods
  その他 : Nature methods
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: New York, NY : Nature Pub. Group
ページ: - 巻号: 8 (10) 通巻号: - 開始・終了ページ: 833 - 835 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISSN: 1548-7091
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/111088195279556