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  Protein ranking: from local to global structure in the protein similarity network

Weston, J., Elisseeff, A., Zhou, D., Leslie, C., & Noble, W. (2004). Protein ranking: from local to global structure in the protein similarity network. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 101(17), 6559-6563. doi:10.1073/pnas.0308067101.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0013-F3CF-B Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0005-4F53-6
Genre: Zeitschriftenartikel

Externe Referenzen

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externe Referenz:
https://www.pnas.org/content/pnas/101/17/6559.full.pdf (Verlagsversion)
Beschreibung:
-
OA-Status:

Urheber

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 Urheber:
Weston, J1, 2, Autor           
Elisseeff, A1, 2, Autor           
Zhou, D1, 2, Autor           
Leslie, C, Autor
Noble, WS, Autor
Affiliations:
1Department Empirical Inference, Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Max Planck Society, ou_1497795              
2Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Max Planck Society, Spemannstrasse 38, 72076 Tübingen, DE, ou_1497794              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Biologists regularly search databases of DNA or protein sequences for evolutionary or functional relationships to a given query sequence. We describe a ranking algorithm that exploits the entire network structure of similarity relationships among proteins in a sequence database by performing a diffusion operation on a pre-computed, weighted network. The resulting ranking algorithm, evaluated using a human-curated database of protein structures, is efficient and provides significantly better rankings than a local network search algorithm such as PSI-BLAST.

Details

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Sprache(n):
 Datum: 2004
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: DOI: 10.1073/pnas.0308067101
BibTex Citekey: 2586
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
  Andere : Proc. Acad. Sci. USA
  Andere : Proc. Acad. Sci. U.S.A.
  Andere : Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA
  Kurztitel : PNAS
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: Washington, D.C. : National Academy of Sciences
Seiten: - Band / Heft: 101 (17) Artikelnummer: - Start- / Endseite: 6559 - 6563 Identifikator: ISSN: 0027-8424
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/954925427230