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  Mismatch String Kernels for SVM Protein Classification

Leslie, C., Eskin, E., Weston, J., & Noble, W. (2003). Mismatch String Kernels for SVM Protein Classification. In S. Becker, S. Thrun, & K. Obermayer (Eds.), Advances in Neural Information Processing Systems 15 (pp. 1417-1424). Cambridge, MA, USA: MIT Press.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0013-DB47-C Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0005-6BDD-B
Genre: Konferenzbeitrag

Externe Referenzen

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externe Referenz:
http://papers.nips.cc/paper/2179-mismatch-string-kernels-for-svm-protein-classification.pdf (Verlagsversion)
Beschreibung:
-
OA-Status:

Urheber

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 Urheber:
Leslie, C, Autor
Eskin, E, Autor
Weston, J1, 2, Autor           
Noble, WS, Autor
Affiliations:
1Department Empirical Inference, Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Max Planck Society, ou_1497795              
2Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Max Planck Society, ou_1497794              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: We introduce a class of string kernels, called mismatch kernels, for use with support vector machines (SVMs) in a discriminative approach to the protein classification problem. These kernels measure sequence similarity
based on shared occurrences of k-length subsequences, counted with up to m mismatches, and do not rely on any generative model for the positive training sequences. We compute the kernels efficiently using a mismatch tree data structure and report experiments on a benchmark SCOP dataset, where we show that the mismatch kernel used with an SVM classifier performs as well as the Fisher kernel, the most successful method for remote homology detection, while achieving considerable computational savings.

Details

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Sprache(n):
 Datum: 2003-09
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: BibTex Citekey: 2055
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Titel: Sixteenth Annual Conference on Neural Information Processing Systems (NIPS 2002)
Veranstaltungsort: Vancouver, BC, Canada
Start-/Enddatum: 2002-12-09 - 2002-12-14

Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Advances in Neural Information Processing Systems 15
Genre der Quelle: Konferenzband
 Urheber:
Becker, S, Herausgeber
Thrun, S, Herausgeber
Obermayer, K, Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: Cambridge, MA, USA : MIT Press
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: 1417 - 1424 Identifikator: ISBN: 0-262-02550-7