Synthesis of spin-labeled riboswitch RNAs using convertible nucleosides and 
DNA-catalyzed RNA ligation.

Büttner, L.; Seikowski, J.; Wawrzyniak, K.; Ochmann, A. L.; Höbartner, C.

doi:10.1016/j.bmc.2013.04.007

Synthesis of spin-labeled riboswitch RNAs using convertible nucleosides and DNA-catalyzed RNA ligation.

Büttner, L., Seikowski, J., Wawrzyniak, K., Ochmann, A. L., & Höbartner, C. (2013). Synthesis of spin-labeled riboswitch RNAs using convertible nucleosides and DNA-catalyzed RNA ligation. Bioorganic and Medicinal Chemistry, 21(20), 6171-6180. doi:10.1016/j.bmc.2013.04.007.

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資料種別: 学術論文

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Büttner, L.¹, 著者
Seikowski, J.¹, 著者
Wawrzyniak, K.¹, 著者
Ochmann, A. L.¹, 著者
Höbartner, C.¹, 著者

所属:
1Research Group of Nucleic Acid Chemistry, MPI for Biophysical Chemistry, Max Planck Society, ou_578605

内容説明

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キーワード: -

要旨: Chemically stable nitroxide radicals that can be monitored by electron paramagnetic resonance (EPR) spectroscopy can provide information on structural and dynamic properties of functional RNA such as riboswitches. The convertible nucleoside approach is used to install 2,2,6,6-tetramethylpiperidin-1-oxyl (TEMPO) and 2,2,5,5-tetramethylpyrrolidin-1-oxyl (proxyl) labels at the exocyclic N4-amino group of cytidine and 2′-O-methylcytidine nucleotides in RNA. To obtain site-specifically labeled long riboswitch RNAs beyond the limit of solid-phase synthesis, we report the ligation of spin-labeled RNA using an in vitro selected deoxyribozyme as catalyst, and demonstrate the synthesis of TEMPO-labeled 53 nt SAM-III and 118 nt SAM-I riboswitch domains (SAM = S-adenosylmethionine).

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言語: eng - English

日付: オンライン出版: 2013-04-15出版: 2013-10-15

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識別子（DOI, ISBNなど）: DOI: 10.1016/j.bmc.2013.04.007

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出版物名: Bioorganic and Medicinal Chemistry

種別: 学術雑誌

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ページ: - 巻号: 21 (20) 通巻号: - 開始・終了ページ: 6171 - 6180 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: -

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