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  Scaling of the GROMACS 4.6 molecular dynamics code on SuperMUC.

Kutzner, C., Apostolov, R., Hess, B., & Grubmüller, H. (2014). Scaling of the GROMACS 4.6 molecular dynamics code on SuperMUC. In M. Bader, A. Bode, & H. J. Bungartz (Eds.), Parallel Computing: Accelerating Computational Science and Engineering (CSE) (pp. 722-730). Amsterdam: IOS Press.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0019-DB41-8 Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0027-CDB3-A
Genre: Buchkapitel

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:
2037317.pdf (Verlagsversion), 177KB
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https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0019-DB43-4
Name:
2037317.pdf
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-
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Öffentlich
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-
Copyright Info:
-
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-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Kutzner, C.1, Autor           
Apostolov, R., Autor
Hess, B., Autor
Grubmüller, H.1, Autor           
Affiliations:
1Department of Theoretical and Computational Biophysics, MPI for biophysical chemistry, Max Planck Society, ou_578631              

Inhalt

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Schlagwörter: GROMACS, molecular dynamics, SuperMUC, benchmark, biomolecular simulation
 Zusammenfassung: Here we report on the performance of GROMACS 4.6 on the SuperMUC cluster at the Leibniz Rechenzentrum in Garching. We carried out benchmarks with three biomolecular systems consisting of eighty thousand to twelve million atoms in a strong scaling test each. The twelve million atom simulation system reached a performance of 49 nanoseconds per day on 32,768 cores.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2014-03-31
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.3233/978-1-61499-381-0-722
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Parallel Computing: Accelerating Computational Science and Engineering (CSE)
Genre der Quelle: Buch
 Urheber:
Bader, M., Herausgeber
Bode, A., Herausgeber
Bungartz, H. J., Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: Amsterdam : IOS Press
Seiten: XIX, 846 Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: 722 - 730 Identifikator: ISBN: 978-1-61499-380-3

Quelle 2

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Titel: Advances in parallel computing
Genre der Quelle: Reihe
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 25 Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: -

Quelle 3

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Titel: International Conference on Parallel Programming, ParCo. Garching, 2013.09.10-13
Genre der Quelle: Konferenzband
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: -