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  do_x3dna: A tool to analyze structural fluctuations of dsDNA or dsRNA from molecular dynamics simulations.

Kumar, R., & Grubmüller, H. (2015). do_x3dna: A tool to analyze structural fluctuations of dsDNA or dsRNA from molecular dynamics simulations. Bioinformatics, 31(15), 2583-2585. doi:10.1093/bioinformatics/btv190.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0026-B010-B Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-002A-176A-9
Genre: Zeitschriftenartikel

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:
2139285.pdf (Verlagsversion), 204KB
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Datei-Permalink:
https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0026-B012-7
Name:
2139285.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
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Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
Lizenz:
http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/

Externe Referenzen

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externe Referenz:
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=25838463 (Verlagsversion)
Beschreibung:
-
OA-Status:

Urheber

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 Urheber:
Kumar, R.1, Autor           
Grubmüller, H.1, Autor           
Affiliations:
1Department of Theoretical and Computational Biophysics, MPI for Biophysical Chemistry, Max Planck Society, ou_578631              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: The do_x3dna package has been developed to analyze the structural fluctuations of DNA or RNA during molecular dynamics simulations. It extends the capability of the 3DNA package to GROMACS MD trajectories and includes new methods to calculate the global-helical axis of DNA and bending fluctuations during simulations. The package also includes a Python module dnaMD to perform and visualize statistical analyses of complex data obtained from the trajectories.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2015-04-022015-08-01
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.1093/bioinformatics/btv190
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Bioinformatics
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 31 (15) Artikelnummer: - Start- / Endseite: 2583 - 2585 Identifikator: -