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  Molecular dynamics in principal component space.

Michielssens, S., van Erp, T. S., Kutzner, C., Ceulemans, A., & de Groot, B. L. (2012). Molecular dynamics in principal component space. Journal of Physical Chemistry B, 116(29), 8350-8357. doi:10.1021/jp209964a.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0027-C167-5 Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0027-CF35-5
Genre: Zeitschriftenartikel

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:
2171850.pdf (Verlagsversion), 830KB
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https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0027-C18C-2
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2171850.pdf
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Öffentlich
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application/pdf / [MD5]
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Externe Referenzen

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http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jp209964a (Verlagsversion)
Beschreibung:
-
OA-Status:

Urheber

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 Urheber:
Michielssens, S., Autor
van Erp, T. S., Autor
Kutzner, C.1, Autor           
Ceulemans, A., Autor
de Groot, B. L.1, Autor           
Affiliations:
1Research Group of Computational Biomolecular Dynamics, MPI for biophysical chemistry, Max Planck Society, ou_578573              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: A molecular dynamics algorithm in principal component space is presented. It is demonstrated that sampling can be improved without changing the ensemble by assigning masses to the principal components proportional to the inverse square root of the eigenvalues. The setup of the simulation requires no prior knowledge of the system; a short initial MD simulation to extract the eigenvectors and eigenvalues suffices. Independent measures indicated a 6–7 times faster sampling compared to a regular molecular dynamics simulation.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2012-01-202012-07-26
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.1021/jp209964a
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Journal of Physical Chemistry B
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 116 (29) Artikelnummer: - Start- / Endseite: 8350 - 8357 Identifikator: -