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  ChIP-Seq and RNA-Seq analyses identify components of the Wnt and Fgf signaling pathways as Prep1 target genes in mouse embryonic stem cells

Laurent, A., Calabrese, M., Warnatz, H. J., Yaspo, M. L., Tkachuk, V., Torres, M., Blasi, F., & Penkov, D. (2015). ChIP-Seq and RNA-Seq analyses identify components of the Wnt and Fgf signaling pathways as Prep1 target genes in mouse embryonic stem cells. PLoS One, 10(4):. doi:10.1371/journal.pone.0122518.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-002A-5FCF-E 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-002A-5FD0-8
資料種別: 学術論文

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:
Laurent.PDF (出版社版), 2MB
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ファイルのパーマリンク:
https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-002A-5FD1-6
ファイル名:
Laurent.PDF
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-
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MIMEタイプ / チェックサム:
application/pdf / [MD5]
技術的なメタデータ:
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著作権日付:
-
著作権情報:
© 2015 Laurent et al
CCライセンス:
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

関連URL

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URL:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25875616 (全文テキスト（全般）)
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作成者

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 作成者:
Laurent, A., 著者
Calabrese, M., 著者
Warnatz, H. J.1, 著者           
Yaspo, M. L.1, 著者           
Tkachuk, V., 著者
Torres, M., 著者
Blasi, F., 著者
Penkov, D., 著者
所属:
1Gene Regulation and Systems Biology of Cancer (Marie-Laure Yaspo), Independent Junior Research Groups (OWL), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_2117287              

内容説明

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キーワード: Animals Binding Sites Cell Differentiation/*genetics DNA-Binding Proteins/*biosynthesis/genetics Embryo, Mammalian Embryonic Development/genetics Fibroblast Growth Factors/biosynthesis Gene Expression Regulation, Developmental Genome Homeodomain Proteins/*biosynthesis/genetics Mice *Mouse Embryonic Stem Cells Wnt Signaling Pathway/genetics
 要旨: The Prep1 (Pknox1) homeodomain transcription factor is essential at multiple stages of embryo development. In the E11.5 embryo trunk, we previously estimated that Prep1 binds about 3,300 genomic sites at a highly specific decameric consensus sequence, mainly governing basal cellular functions. We now show that in embryonic stem (ES) cells Prep1 binding pattern only partly overlaps that of the embryo trunk, with about 2,000 novel sites. Moreover, in ES cells Prep1 still binds mostly to promoters, as in total embryo trunk but, among the peaks bound exclusively in ES cells, the percentage of enhancers was three-fold higher. RNA-seq identifies about 1800 genes down-regulated in Prep1-/- ES cells which belong to gene ontology categories not enriched in the E11.5 Prep1i/i differentiated embryo, including in particular essential components of the Wnt and Fgf pathways. These data agree with aberrant Wnt and Fgf expression levels in the Prep1-/- ES cells with a deficient embryoid bodies (EBs) formation and differentiation. Re-establishment of the Prep1 level rescues the phenotype.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2015-02-112015-04-13
 出版の状態: オンラインで出版済み
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: -
 識別子（DOI, ISBNなど）: DOI: 10.1371/journal.pone.0122518
ISSN: 1932-6203 (Electronic)
 学位: -

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出版物 1

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出版物名: PLoS One
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: San Francisco, CA : Public Library of Science
ページ: - 巻号: 10 (4) 通巻号: e0122518 開始・終了ページ: - 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISSN: 1932-6203
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/1000000000277850