Deutsch
 
Hilfe Datenschutzhinweis Impressum
  DetailsucheBrowse

Datensatz

DATENSATZ AKTIONENEXPORT
Zur Ablage hinzufügen
 Lokale TagsFreigabegeschichteDetailsÜbersicht
  Accelerating Sparse Arithmetic in the Context of Newton’s Method for Small Molecules with Bond Constraints

Mikkelsen, C. C. K., Alastruey-Benedé, J., Ibáñez-Marín, P., & Risueño, P. G. (2016). Accelerating Sparse Arithmetic in the Context of Newton’s Method for Small Molecules with Bond Constraints. In R. Wyrzykowski, E. Deelman, J. Dongarra, K. Karczewski, J. Kitowski, & K. Wiatr (Eds.), Parallel Processing and Applied Mathematics (pp. 160-171). Berlin: Springer.

Item is

 

einblenden: alle ausblenden: alle

Basisdaten

einblenden: ausblenden:
Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-002A-C4F6-9 Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-002A-C4F8-5
Genre: Buchkapitel

Externe Referenzen

einblenden:

Urheber

einblenden:
ausblenden:
 Urheber:
Mikkelsen, Carl Christian Kjelgaard 1, Autor
Alastruey-Benedé, Jesús 2, Autor
Ibáñez-Marín, Pablo 2, Autor
Risueño, Pablo García3, 4, 5, Autor           
Affiliations:
1Department of Computing Science and HPC2N, Umeå University, Umeå, Sweden, ou_persistent22              
2Instituto Universitario de Investigación en Ingeniería de Aragón (I3A), Universidad de Zaragoza, Zaragoza, Spain, ou_persistent22              
3Theory, Fritz Haber Institute, Max Planck Society, ou_634547              
4Institut für Physik, Humboldt Universität zu Berlin, Berlin, Germany, ou_persistent22              
5Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos, Zaragoza, Spain, ou_persistent22              

Inhalt

einblenden:
ausblenden:
Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Molecular dynamics is used to study the time evolution of systems of atoms. It is common to constrain bond lengths in order to increase the time step of the simulation. Here we accelerate Newton’s method for solving the constraint equations for a system consisting of many identical small molecules. Starting with a modular and generic base code using a sequential data layout, we apply three different optimization techniques. The compiled code approach is used to generate subroutines equivalent to a single step of Newton’s method for a user specified molecule. Differing from the generic subroutines, these specific routines contain no loops and no indirect addressing. Interleaving the data describing different molecules generates vectorizable loops. Finally, we apply task fusion. The simultaneous application of all three techniques increases the speed of the base code by a factor of 15 for single precision calculations.

Details

einblenden:
ausblenden:
Sprache(n):
 Datum: 2016-04-02
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: 12
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.1007/978-3-319-32149-3_16
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

einblenden:

Entscheidung

einblenden:

Projektinformation

einblenden:

Quelle 1

einblenden:
ausblenden:
Titel: Parallel Processing and Applied Mathematics
Genre der Quelle: Buch
 Urheber:
Wyrzykowski, Roman, Herausgeber
Deelman, Ewa, Herausgeber
Dongarra, Jack, Herausgeber
Karczewski, Konrad, Herausgeber
Kitowski, Jacek, Herausgeber
Wiatr, Kazimierz, Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: Berlin : Springer
Seiten: 12 Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: 160 - 171 Identifikator: ISBN: 978-3-319-32148-6

Quelle 2

einblenden:
ausblenden:
Titel: Lecture Notes in Computer Science
  Andere : Lect. Notes Comput. Sci.
Genre der Quelle: Reihe
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: Berlin : Springer
Seiten: - Band / Heft: 9573 Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: ISSN: 0302-9743