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  CopraRNA and IntaRNA: predicting small RNA targets, networks and interaction domains

Wright, P. R., Georg, J., Mann, M., Sorescu, D. A., Richter, A. S., Lott, S., et al. (2014). CopraRNA and IntaRNA: predicting small RNA targets, networks and interaction domains. Nucleic Acids Research, 42, W119-W123.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-002B-889B-8 Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-002B-889C-6
Genre: Zeitschriftenartikel

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Wright, Patrick R., Autor
Georg, Jens, Autor
Mann, Martin, Autor
Sorescu, Dragos A., Autor
Richter, Andreas S.1, Autor           
Lott, Steffen, Autor
Kleinkauf, Robert, Autor
Hess, Wolfgang R., Autor
Backofen, Rolf, Autor
Affiliations:
1Department of Epigenetics, Max Planck Institute of Immunobiology and Epigenetics, Max Planck Society, ou_2243644              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: CopraRNA (Comparative prediction algorithm for small RNA targets) is the most recent asset to the Freiburg RNA Tools webserver. It incorporates and extends the functionality of the existing tool IntaRNA (Interacting RNAs) in order to predict targets, interaction domains and consequently the regulatory networks of bacterial small RNA molecules. The CopraRNA prediction results are accompanied by extensive postprocessing methods such as functional enrichment analysis and visualization of interacting regions. Here, we introduce the functionality of the CopraRNA and IntaRNA webservers and give detailed explanations on their postprocessing functionalities. Both tools are freely accessible at http://rna.informatik.uni-freiburg.de.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2014
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: eDoc: 701982
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Nucleic Acids Research
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 42 Artikelnummer: - Start- / Endseite: W119 - W123 Identifikator: -