日本語
 
Help Privacy Policy ポリシー/免責事項
  詳細検索ブラウズ

アイテム詳細

登録内容を編集ファイル形式で保存
 
 
ダウンロード電子メール
  Evaluation of Strategies to Separate Root-Associated Microbial Communities: A Crucial Choice in Rhizobiome Research

Richter-Heitmann, T., Eickhorst, T., Knauth, S., Friedrich, M., & Schmidt, H. (2016). Evaluation of Strategies to Separate Root-Associated Microbial Communities: A Crucial Choice in Rhizobiome Research. Frontiers in Microbiology, 7:, pp. 1-11.

Item is

基本情報

表示: 非表示:
アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0001-C2DE-A 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0005-564B-7
資料種別: 学術論文

ファイル

表示: ファイル
非表示: ファイル
:
Richter_Heitmann_2016.pdf (出版社版), 662KB
ファイルのパーマリンク:
https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0005-564C-6
ファイル名:
Richter_Heitmann_2016.pdf
説明:
-
OA-Status:
閲覧制限:
公開
MIMEタイプ / チェックサム:
application/pdf / [MD5]
技術的なメタデータ:
著作権日付:
-
著作権情報:
-
CCライセンス:
-

関連URL

表示:

作成者

表示:
非表示:
 作成者:
Richter-Heitmann, T.1, 著者           
Eickhorst, T., 著者
Knauth, S., 著者
Friedrich, M., 著者
Schmidt, H., 著者
所属:
1Department of Microbiology, Max Planck Institute for Marine Microbiology, Max Planck Society, ou_2481695              

内容説明

表示:
非表示:
キーワード: -
 要旨: Plants shape distinct, species-specific microbiomes in their rhizospheres. A main premise for evaluating microbial communities associated with root-soil compartments is their successful separation into the rhizosphere (soil-root interface), the rhizoplane (root surface), and the endosphere (inside roots). We evaluated different approaches (washing, sonication, and bleaching) regarding their efficiency to separate microbial cells associated with different root compartments of soil-grown rice using fluorescence microscopy and community fingerprinting of 16S rRNA genes. Vigorous washing detached 45% of the rhizoplane population compared to untreated roots. Additional sonication reduced rhizoplane-attached microorganisms by up to 78% but caused various degrees of root tissue destruction at all sonication intensities tested. Treatment with sodium hypochlorite almost completely (98%) removed rhizoplane-associated microbial cells. Community fingerprinting revealed that microbial communities obtained from untreated, washed, and sonicated roots were not statistically distinguishable. Hypochlorite-treated roots harbored communities significantly different from all other samples, likely representing true endospheric populations. Applying these procedures to other root samples (bean and clover) revealed that treatment efficiencies were strongly affected by root morphological parameters such as root hair density and rigidity of epidermis. Our findings suggest that a careful evaluation of separation strategies prior to molecular community analysis is indispensable, especially when endophytes are the subject of interest.

資料詳細

表示:
非表示:
言語: eng - English
 日付: 2016-05-24
 出版の状態: 出版
 ページ: 11
 出版情報: -
 目次: -
 査読: 査読あり(内部)
 識別子(DOI, ISBNなど): eDoc: 732745
ISI: 000376379900002
 学位: -

関連イベント

表示:

訴訟

表示:

Project information

表示:

出版物 1

表示:
非表示:
出版物名: Frontiers in Microbiology
  省略形 : Front. Microbiol.
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: Lausanne : Frontiers Media
ページ: - 巻号: 7 通巻号: 773 開始・終了ページ: 1 - 11 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): ISSN: 1664-302X
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/1664-302X