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  Draft genome sequence of marine alphaproteobacterial strain HIMB11, the first cultivated representative of a unique lineage within the Roseobacter clade possessing an unusually small genome

Durham, B., Grote, J., Whittaker, K., Bender, S., Luo, H., Grim, S., Brown, J., Casey, J., Dron, A., Florez-Leiva, L., Krupke, A., Luria, C., Mine, A., Nigro, O., Pather, S., Talarmin, A., Wear, E., Weber, T., Wilson, J., Church, M., DeLong, E., Karl, D., Steward, G., Eppley, J., Kyrpides, N., Schuster, S., & Rappé, M. (2014). Draft genome sequence of marine alphaproteobacterial strain HIMB11, the first cultivated representative of a unique lineage within the Roseobacter clade possessing an unusually small genome. Standards in Genomic Sciences, 9(3):, pp. 632-645.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0001-C623-8 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0006-E6A8-9
資料種別: 学術論文

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Krupke14.pdf (出版社版), 6MB
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https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0006-E6AC-5
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Krupke14.pdf
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 作成者:
Durham, B., 著者
Grote, J., 著者
Whittaker, K., 著者
Bender, S., 著者
Luo, H., 著者
Grim, S., 著者
Brown, J., 著者
Casey, J., 著者
Dron, A.1, 著者           
Florez-Leiva, L., 著者
Krupke, A.2, 著者           
Luria, C., 著者
Mine, A., 著者
Nigro, O., 著者
Pather, S., 著者
Talarmin, A., 著者
Wear, E., 著者
Weber, T., 著者
Wilson, J., 著者
Church, M., 著者
DeLong, E., 著者Karl, D., 著者Steward, G., 著者Eppley, J., 著者Kyrpides, N., 著者Schuster, S., 著者Rappé, M., 著者 全て表示
所属:
1Permanent Research Group Microsensor, Max Planck Institute for Marine Microbiology, Max Planck Society, ou_2481711              
2Department of Biogeochemistry, Max Planck Institute for Marine Microbiology, Max Planck Society, ou_2481693              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: Strain HIMB11 is a planktonic marine bacterium isolated from coastal seawater in Kaneohe Bay, Oahu, Hawaii belonging to the ubiquitous and versatile Roseobacter clade of the alphaproteobacterial family Rhodobacteraceae. Here we describe the preliminary characteristics of strain HIMB11, including annotation of the draft genome sequence and comparative genomic analysis with other members of the Roseobacter lineage. The 3,098,747 bp draft genome is arranged in 34 contigs and contains 3,183 protein- coding genes and 54 RNA genes. Phylogenomic and 16S rRNA gene analyses indicate that HIMB11 represents a unique sublineage within the Roseobacter clade. Comparison with other publicly available genome sequences from members of the Roseobacter lineage reveals that strain HIMB11 has the genomic potential to utilize a wide variety of energy sources (e.g. organic matter, reduced inorganic sulfur, light, carbon monoxide), while possessing a reduced number of substrate transporters.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2014
 出版の状態: 出版
 ページ: 14
 出版情報: -
 目次: -
 査読: 査読あり（内部）
 識別子（DOI, ISBNなど）: eDoc: 700912
ISI: 000338995000067
 学位: -

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出版物 1

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出版物名: Standards in Genomic Sciences
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: East Lansing, Mich. : Michigan State Univ. : Genomic Standards Consortium
ページ: - 巻号: 9 (3) 通巻号: 1 開始・終了ページ: 632 - 645 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISSN: 1944-3277
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/1944-3277