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  Active medulloblastoma enhancers reveal subgroup-specific cellular origins

Lin, C. Y., Erkek, S., Tong, Y., Yin, L., Federation, A. J., Zapatka, M., Haldipur, P., Kawauchi, D., Risch, T., Warnatz, H. J., Worst, B. C., Ju, B., Orr, B. A., Zeid, R., Polaski, D. R., Segura-Wang, M., Waszak, S. M., Jones, D. T., Kool, M., Hovestadt, V., Buchhalter, I., Sieber, L., Johann, P., Chavez, L., Groschel, S., Ryzhova, M., Korshunov, A., Chen, W., Chizhikov, V. V., Millen, K. J., Amstislavskiy, V., Lehrach, H., Yaspo, M. L., Eils, R., Lichter, P., Korbel, J. O., Pfister, S. M., Bradner, J. E., & Northcott, P. A. (2016). Active medulloblastoma enhancers reveal subgroup-specific cellular origins. Nature, 530(7588), 57-62. doi:10.1038/nature16546.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0000-BC6A-6 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0000-BC6B-5
資料種別: 学術論文

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https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0000-BC6C-4
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application/pdf / [MD5]
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著作権情報:
© 2016 Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature
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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26814967 (全文テキスト（全般）)
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作成者

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 作成者:
Lin, C. Y., 著者
Erkek, S., 著者
Tong, Y., 著者
Yin, L., 著者
Federation, A. J., 著者
Zapatka, M., 著者
Haldipur, P., 著者
Kawauchi, D., 著者
Risch, T., 著者
Warnatz, H. J.1, 著者           
Worst, B. C., 著者
Ju, B., 著者
Orr, B. A., 著者
Zeid, R., 著者
Polaski, D. R., 著者
Segura-Wang, M., 著者
Waszak, S. M., 著者
Jones, D. T., 著者
Kool, M., 著者
Hovestadt, V., 著者
Buchhalter, I., 著者Sieber, L., 著者Johann, P., 著者Chavez, L., 著者Groschel, S., 著者Ryzhova, M., 著者Korshunov, A., 著者Chen, W., 著者Chizhikov, V. V., 著者Millen, K. J., 著者Amstislavskiy, V.1, 著者           Lehrach, H.2, 著者           Yaspo, M. L.1, 著者           Eils, R., 著者Lichter, P., 著者Korbel, J. O., 著者Pfister, S. M., 著者Bradner, J. E., 著者Northcott, P. A., 著者 全て表示
所属:
1Gene Regulation and Systems Biology of Cancer (Marie-Laure Yaspo), Independent Junior Research Groups (OWL), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_2117287              
2Emeritus Group of Vertebrate Genomics (Head: Hans Lehrach), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_2385697              

内容説明

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キーワード: Animals Cerebellar Neoplasms/classification/*genetics/*pathology Enhancer Elements, Genetic/*genetics Female Gene Expression Regulation, Neoplastic/*genetics Gene Regulatory Networks/genetics Genes, Neoplasm/genetics Genes, Reporter/genetics Humans Male Medulloblastoma/*classification/genetics/*pathology Mice Reproducibility of Results Transcription Factors/*metabolism Zebrafish/genetics
 要旨: Medulloblastoma is a highly malignant paediatric brain tumour, often inflicting devastating consequences on the developing child. Genomic studies have revealed four distinct molecular subgroups with divergent biology and clinical behaviour. An understanding of the regulatory circuitry governing the transcriptional landscapes of medulloblastoma subgroups, and how this relates to their respective developmental origins, is lacking. Here, using H3K27ac and BRD4 chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) coupled with tissue-matched DNA methylation and transcriptome data, we describe the active cis-regulatory landscape across 28 primary medulloblastoma specimens. Analysis of differentially regulated enhancers and super-enhancers reinforced inter-subgroup heterogeneity and revealed novel, clinically relevant insights into medulloblastoma biology. Computational reconstruction of core regulatory circuitry identified a master set of transcription factors, validated by ChIP-seq, that is responsible for subgroup divergence, and implicates candidate cells of origin for Group 4. Our integrated analysis of enhancer elements in a large series of primary tumour samples reveals insights into cis-regulatory architecture, unrecognized dependencies, and cellular origins.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2016-01-272016-02-04
 出版の状態: 出版
 ページ: 6
 出版情報: -
 目次: -
 査読: -
 識別子（DOI, ISBNなど）: DOI: 10.1038/nature16546
ISSN: 1476-4687 (Electronic)0028-0836 (Print)
 学位: -

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出版物 1

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出版物名: Nature
  省略形 : Nature
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: London : Nature Publishing Group
ページ: - 巻号: 530 (7588) 通巻号: - 開始・終了ページ: 57 - 62 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISSN: 0028-0836
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/954925427238