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  Genome-wide RNA Tomography in the Zebrafish Embryo.

Junker, J. P., Noël, E. S., Guryev, V., Peterson, K. A., Shah, G., Huisken, J., McMahon, A. P., Berezikov, E., Bakkers, J., & Oudenaarden, A. v. (2014). Genome-wide RNA Tomography in the Zebrafish Embryo. Cell, 159(3), 662-675.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0001-0586-2 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0001-0587-1
資料種別: 学術論文

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作成者

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 作成者:
Junker, Jan Philipp1, 著者
Noël, Emily S.1, 著者
Guryev, Victor1, 著者
Peterson, Kevin A, 著者
Shah, Gopi2, 著者           
Huisken, Jan2, 著者           
McMahon, Andrew P.1, 著者
Berezikov, Eugene1, 著者
Bakkers, Jeroen, 著者
Oudenaarden, Alexander van, 著者
所属:
1Max Planck Society, ou_persistent13              
2Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics, Max Planck Society, ou_2340692              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: Advancing our understanding of embryonic development is heavily dependent on identification of novel pathways or regulators. Although genome-wide techniques such as RNA sequencing are ideally suited for discovering novel candidate genes, they are unable to yield spatially resolved information in embryos or tissues. Microscopy-based approaches, using in situ hybridization, for example, can provide spatial information about gene expression, but are limited to analyzing one or a few genes at a time. Here, we present a method where we combine traditional histological techniques with low-input RNA sequencing and mathematical image reconstruction to generate a high-resolution genome-wide 3D atlas of gene expression in the zebrafish embryo at three developmental stages. Importantly, our technique enables searching for genes that are expressed in specific spatial patterns without manual image annotation. We envision broad applicability of RNA tomography as an accurate and sensitive approach for spatially resolved transcriptomics in whole embryos and dissected organs.

資料詳細

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言語:
 日付: 2014
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: -
 識別子(DOI, ISBNなど): eDoc: 705697
その他: 5851
 学位: -

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訴訟

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Project information

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出版物 1

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出版物名: Cell
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: -
ページ: - 巻号: 159 (3) 通巻号: - 開始・終了ページ: 662 - 675 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): -