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  Automated cryo-EM structure refinement using correlation-driven molecular dynamics.

Igaev, M., Kutzner, C., Bock, L. V., Vaiana, A. C., & Grubmüller, H. (2019). Automated cryo-EM structure refinement using correlation-driven molecular dynamics. eLife, 8: e43542. doi:10.7554/eLife.43542.

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Basisdaten

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Genre: Zeitschriftenartikel

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3031462.pdf (Verlagsversion), 9MB
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3031462.pdf
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Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Igaev, M.1, Autor           
Kutzner, C.1, Autor           
Bock, L. V.1, Autor           
Vaiana, A. C.1, Autor           
Grubmüller, H.1, Autor           
Affiliations:
1Department of Theoretical and Computational Biophysics, MPI for biophysical chemistry, Max Planck Society, ou_578631              

Inhalt

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Schlagwörter: molecular biophysics; none; structural biology
 Zusammenfassung: We present a correlation-driven molecular dynamics (CDMD) method for automated refinement of atomistic models into cryo-electron microscopy (cryo-EM) maps at resolutions ranging from near-atomic to subnanometer. It utilizes a chemically accurate force field and thermodynamic sampling to improve the real-space correlation between the modeled structure and the cryo-EM map. Our framework employs a gradual increase in resolution and map-model agreement as well as simulated annealing, and allows fully automated refinement without manual intervention or any additional rotamer- and backbone-specific restraints. Using multiple challenging systems covering a wide range of map resolutions, system sizes, starting model geometries and distances from the target state, we assess the quality of generated models in terms of both model accuracy and potential of overfitting. To provide an objective comparison, we apply several well-established methods across all examples and demonstrate that CDMD performs best in most cases.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2019-03-04
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.7554/eLife.43542
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: eLife
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: 33 Band / Heft: 8 Artikelnummer: e43542 Start- / Endseite: - Identifikator: -