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  High-yield spin labeling of long RNAs for electron paramagnetic resonance spectroscopy

Kerzhner, M., Matsuoka, H., Wuebben, C., Famulok, M., & Schiemann, O. (2018). High-yield spin labeling of long RNAs for electron paramagnetic resonance spectroscopy. Biochemistry, 57(20), 2923-2931. doi:10.1021/acs.biochem.8b00040.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0003-53B4-4 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0008-8624-8
資料種別: 学術論文

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URL:
https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.biochem.8b00040 (要旨)
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作成者

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 作成者:
Kerzhner, Mark1, 著者
Matsuoka, Hideto1, 著者
Wuebben, Christine1, 著者
Famulok, Michael2, 著者
Schiemann, Olav1, 著者
所属:
1External Organizations, ou_persistent22              
2Max Planck Fellow Chemical Biology, Center of Advanced European Studies and Research (caesar), Max Planck Society, Ludwig-Erhard-Allee 2, 53175 Bonn, DE, ou_2173681              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: Site-directed spin labeling is a powerful tool for investigating the conformation and dynamics of biomacromolecules such as RNA. Here we introduce a spin labeling strategy based on click chemistry in solution that, in combination with enzymatic ligation, allows highly efficient labeling of complex and long RNAs with short reaction times and suppressed RNA degradation. With this approach, a 34-nucleotide aptamer domain of the preQ1 riboswitch and an 81-nucleotide TPP riboswitch aptamer could be labeled with two labels in several positions. We then show that conformations of the preQ1 aptamer and its dynamics can be monitored in the absence and presence of Mg2+ and a preQ1 ligand by continuous wave electron paramagnetic resonance spectroscopy at room temperature and pulsed electron-electron double resonance spectroscopy (PELDOR or DEER) in the frozen state.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2018-05-102018-05-22
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: 査読あり
 識別子（DOI, ISBNなど）: ISI: 000433404600004
DOI: 10.1021/acs.biochem.8b00040
 学位: -

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出版物 1

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出版物名: Biochemistry
  省略形 : Biochemistry
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: Columbus, Ohio : American Chemical Society
ページ: - 巻号: 57 (20) 通巻号: - 開始・終了ページ: 2923 - 2931 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISSN: 0006-2960
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/954925384103