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  Analysis of short tandem repeat expansions and their methylation state with nanopore sequencing

Gießelmann, P., Brändl, B., Raimondeau, E., Bowen, R., Rohrandt, C., Tandon, R., et al. (2019). Analysis of short tandem repeat expansions and their methylation state with nanopore sequencing. bioRxiv (Preprint Server), 480285. doi:10.1101/480285.

Item is

Basisdaten

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Genre: Zeitschriftenartikel

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:
Giesselmann_2019.pdf (Verlagsversion), 6MB
Name:
Giesselmann_2019.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
© The Author(s), under exclusive licence to Springer Nature America, Inc. 2019
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Gießelmann, Pay1, Autor           
Brändl, Björn1, Autor           
Raimondeau, Etienne , Autor
Bowen, Rebecca, Autor
Rohrandt, Christian , Autor
Tandon, Rashmi , Autor
Kretzmer, Helene1, Autor           
Assum, Günter , Autor
Galonska, Christina1, Autor           
Siebert, Reiner , Autor
Ammerpohl, Ole, Autor
Heron, Andrew , Autor
Schneider, Susanne A. , Autor
Ladewig, Julia, Autor
Koch, Philipp , Autor
Schuldt, Bernhard M. , Autor
Graham, James E. , Autor
Meissner, Alexander1, Autor           
Müller, Franz-Josef2, Autor           
Affiliations:
1Dept. of Genome Regulation (Head: Alexander Meissner), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_2379694              
2Cellular Phenotyping (Franz-Josef Müller), Dept. of Genome Regulation, (Head: Alexander Meissner), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_3014190              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: Expansions of short tandem repeats are genetic variants that have been implicated in neuropsychiatric and other disorders but their assessment remains challenging with current molecular methods. Here, we developed a Cas12a-based enrichment strategy for nanopore sequencing that, combined with a new algorithm for raw signal analysis, enables us to efficiently target, sequence and precisely quantify repeat numbers as well as their DNA methylation status. Taking advantage of these single molecule nanopore signals provides therefore unprecedented opportunities to study pathological repeat expansions.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2019-09-182019-11-182019-12
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: DOI: 10.1101/480285
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: bioRxiv (Preprint Server)
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: 480285 Start- / Endseite: - Identifikator: -

Quelle 2

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Titel: Nature Biotechnology
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: New York : Gale Group Inc.
Seiten: 4 Band / Heft: 37 Artikelnummer: - Start- / Endseite: 1478 - 1481 Identifikator: ISSN: 1087-0156
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/954926980065