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  Transcriptome maps of general eukaryotic RNA degradation factors.

Sohrabi-Jahromi, S., Hofmann, K. B., Boltendahl, A., Roth, C., Gressel, S., Baejen, C., et al. (2019). Transcriptome maps of general eukaryotic RNA degradation factors. eLife, 8: e47040. doi:10.7554/eLife.47040.

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Basisdaten

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Genre: Zeitschriftenartikel

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:
3060405.pdf (Verlagsversion), 3MB
Name:
3060405.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Sohrabi-Jahromi, S.1, Autor           
Hofmann, K. B.2, Autor           
Boltendahl, A.2, Autor           
Roth, C.1, Autor           
Gressel, S.2, Autor           
Baejen, C.2, Autor           
Söding, J.1, Autor           
Cramer, P.2, Autor           
Affiliations:
1Research Group of Computational Biology, MPI for Biophysical Chemistry, Max Planck Society, ou_1933286              
2Department of Molecular Biology, MPI for Biophysical Chemistry, Max Planck Society, ou_1863498              

Inhalt

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Schlagwörter: S. cerevisiae; chromosomes; computational biology; gene expression; systems biology
 Zusammenfassung: RNA degradation pathways enable RNA processing, the regulation of RNA levels, and the surveillance of aberrant or poorly functional RNAs in cells. Here we provide transcriptome-wide RNA-binding profiles of 30 general RNA degradation factors in the yeast Saccharomyces cerevisiae. The profiles reveal the distribution of degradation factors between different RNA classes. They are consistent with the canonical degradation pathway for closed-loop forming mRNAs after deadenylation. Modeling based on mRNA half-lives suggests that most degradation factors bind intact mRNAs, whereas decapping factors are recruited only for mRNA degradation, consistent with decapping being a rate-limiting step. Decapping factors preferentially bind mRNAs with non-optimal codons, consistent with rapid degradation of inefficiently translated mRNAs. Global analysis suggests that the nuclear surveillance machinery, including the complexes Nrd1/Nab3 and TRAMP4, targets aberrant nuclear RNAs and processes snoRNAs.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2019-05-28
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.7554/eLife.47040
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: eLife
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: 29 Band / Heft: 8 Artikelnummer: e47040 Start- / Endseite: - Identifikator: -