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  SynGO: An evidence-based, expert-curated knowledge base for the synapse.

Koopmans, F., van Nierop, P., Andres-Alonso, M., Byrnes, A., Cijsouw, T., Coba, M. P., et al. (2019). SynGO: An evidence-based, expert-curated knowledge base for the synapse. Neuron, 103(2), 217-234. doi:10.1016/j.neuron.2019.05.002.

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Basisdaten

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Genre: Zeitschriftenartikel

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Koopmans, F., Autor
van Nierop, P., Autor
Andres-Alonso, M., Autor
Byrnes, A., Autor
Cijsouw, T., Autor
Coba, M. P., Autor
Cornelisse, L. N., Autor
Farrell, R. J., Autor
Goldschmidt, H. L., Autor
Howrigan, D. P., Autor
Hussain, N. K., Autor
Imig, C., Autor
de Jong, A. P. H., Autor
Jung, H., Autor
Kohansalnodehi, M.1, Autor           
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Affiliations:
1Department of Neurobiology, MPI for Biophysical Chemistry, Max Planck Society, ou_578595              
2Department of Neurobiology, MPI for biophysical chemistry, Max Planck Society, ou_578595              

Inhalt

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Schlagwörter: Gene Ontology; enrichment study; gene annotation; gene set analysis; synapse; synaptic plasticity; synaptic proteome network; synaptome; synaptopathies
 Zusammenfassung: Synapses are fundamental information-processing units of the brain, and synaptic dysregulation is central to many brain disorders (“synaptopathies”). However, systematic annotation of synaptic genes and ontology of synaptic processes are currently lacking. We established SynGO, an interactive knowledge base that accumulates available research about synapse biology using Gene Ontology (GO) annotations to novel ontology terms: 87 synaptic locations and 179 synaptic processes. SynGO annotations are exclusively based on published, expert-curated evidence. Using 2,922 annotations for 1,112 genes, we show that synaptic genes are exceptionally well conserved and less tolerant to mutations than other genes. Many SynGO terms are significantly overrepresented among gene variations associated with intelligence, educational attainment, ADHD, autism, and bipolar disorder and among de novo variants associated with neurodevelopmental disorders, including schizophrenia. SynGO is a public, universal reference for synapse research and an online analysis platform for interpretation of large-scale -omics data (https://syngoportal.org and http://geneontology.org).

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2019-06-032019-07-17
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.1016/j.neuron.2019.05.002
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Neuron
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: 103 (2) Artikelnummer: - Start- / Endseite: 217 - 234 Identifikator: -