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  HOPS: Automated detection and authentication of pathogen DNA in archaeological remains

Hübler, R., Key, F. M., Warinner, C. G., Bos, K. I., Krause, J., & Herbig, A. (2019). HOPS: Automated detection and authentication of pathogen DNA in archaeological remains. Genome Biology, 20(n/a): 280 (2019). doi:10.1186/s13059-019-1903-0.

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Basisdaten

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Genre: Zeitschriftenartikel

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shh2333.pdf (Verlagsversion), 2MB
Name:
shh2333.pdf
Beschreibung:
OA
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Hübler, Ron1, Autor           
Key, Felix Michael1, Autor           
Warinner, Christina G.1, Autor           
Bos, Kirsten I.1, 2, Autor           
Krause, Johannes1, 3, Autor           
Herbig, Alexander1, Autor           
Affiliations:
1Archaeogenetics, Max Planck Institute for the Science of Human History, Max Planck Society, ou_2074310              
2CoDisEASe, Max Planck Institute for the Science of Human History, Max Planck Society, ou_3033585              
3MHAAM, Max Planck Institute for the Science of Human History, Max Planck Society, ou_2541699              

Inhalt

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Schlagwörter: ancient DNA, archaeogenetics, pathogen detection, metagenomics, Paleopathology, ancient bacteria, microbial archaeology
 Zusammenfassung: High-throughput DNA sequencing enables large-scale metagenomic analyses of complex biological systems. Such analyses are not restricted to present day environmental or clinical samples, but can also be fruitfully applied to molecular data from archaeological remains (ancient DNA), and a focus on ancient bacteria can provide valuable information on the long-term evolutionary relationship between hosts and their pathogens. Here we present HOPS (Heuristic Operations for Pathogen Screening), an automated bacterial screening pipeline for ancient DNA sequence data that provides straightforward and reproducible information on species identification and authenticity. HOPS provides a versatile and fast pipeline for high-throughput screening of bacterial DNA from archaeological material to identify candidates for subsequent genomic-level analyses.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2019-12-16
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: 13
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.1186/s13059-019-1903-0
Anderer: shh2333
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Genome Biology
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: London : BioMed Central Ltd.
Seiten: - Band / Heft: 20 (n/a) Artikelnummer: 280 (2019) Start- / Endseite: - Identifikator: ISSN: 1465-6906
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/1000000000224390_1