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  An Automated Combination of Sequence Motif Kernels for Protein Subcellular Localization

Zien, A., & Ong, C. (2006). An Automated Combination of Sequence Motif Kernels for Protein Subcellular Localization. Poster presented at 14th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2006), Fortaleza, Brazil.

Item is

 

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0004-B620-A Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0004-B647-F
Genre: Poster

Externe Referenzen

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externe Referenz:
http://www.iscb.org/cms_addon/conferences/ismb2006/archive/ismb2006.cbi.cnptia.embrapa.br/posters_list.php (Zusammenfassung)
Beschreibung:
-
OA-Status:

Urheber

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 Urheber:
Zien, A1, 2, Autor           
Ong, CS1, 2, 3, Autor           
Affiliations:
1Department Empirical Inference, Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Max Planck Society, ou_1497795              
2Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Max Planck Society, Spemannstrasse 38, 72076 Tübingen, DE, ou_1497794              
3Friedrich Miescher Laboratory, Max Planck Society, ou_2575692              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: We propose an elegant multiclass prediction approach for protein subcellular localization. First we define a family of protein sequence kernels which consider variable length motifs with gaps. Second, we generalize the multiclass SVM to automatically optimize over multiple kernels. We compare to other subcellular localization predictors on different protein datasets.

Details

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Sprache(n):
 Datum: 2006-08
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: -
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Titel: 14th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2006)
Veranstaltungsort: Fortaleza, Brazil
Start-/Enddatum: 2006-08-06 - 2006-08-10

Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: 14th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2006)
Genre der Quelle: Konferenzband
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: H-58 Start- / Endseite: - Identifikator: -