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  Interplay between the Gentlest Ascent Dynamics Method and Conjugate Directions to Locate Transition States

Bofill, J. M., Ribas-Ariño, J., Valero, R., Albareda Piquer, G., Moreira, I. d. P. R., & Quapp, W. (2019). Interplay between the Gentlest Ascent Dynamics Method and Conjugate Directions to Locate Transition States. Journal of Chemical Theory and Computation, 15(10), 5426-5439. doi:10.1021/acs.jctc.8b01061.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0004-E567-6 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000B-ADF4-F
資料種別: 学術論文

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acs.jctc.8b01061.pdf (出版社版), 3MB
ファイルのパーマリンク:
https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0004-E569-4
ファイル名:
acs.jctc.8b01061.pdf
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This is an open access article published under an ACS AuthorChoice License, which permits copying and redistribution of the article or any adaptations for non-commercial purposes.
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application/pdf / [MD5]
技術的なメタデータ:
著作権日付:
2019
著作権情報:
© American Chemical Society
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ct8b01061_si_001.pdf (付録資料), 397KB
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https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0004-E56A-3
ファイル名:
ct8b01061_si_001.pdf
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OA-Status:
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技術的なメタデータ:
著作権日付:
2019
著作権情報:
© American Chemical Society

関連URL

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作成者

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 作成者:
Bofill, J. M.1, 2, 著者
Ribas-Ariño, J.2, 3, 著者
Valero, R.2, 3, 著者
Albareda Piquer, G.2, 3, 4, 著者           
Moreira, I. de P. R.2, 3, 著者
Quapp, W.5, 著者
所属:
1Departament de Química Inorgànica i Orgànica, Secció de Química Orgànica, Universitat de Barcelona, ou_persistent22              
2Institut de Química Teòrica i Computacional (IQTCUB), Universitat de Barcelona, ou_persistent22              
3Departament de Ciència de Materials i Química Física, Universitat de Barcelona, ou_persistent22              
4Theory Group, Theory Department, Max Planck Institute for the Structure and Dynamics of Matter, Max Planck Society, ou_2266715              
5Mathematisches Institut, Universität Leipzig, ou_persistent22              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: An algorithm to locate transition states on a potential energy surface (PES) is proposed and described. The technique is based on the GAD method where the gradient of the PES is projected into a given direction and also perpendicular to it. In the proposed method, named GAD-CD, the projection is not only applied to the gradient but also to the Hessian matrix. Then, the resulting Hessian matrix is block diagonal. The direction is updated according to the GAD method. Furthermore, to ensure stability and to avoid a high computational cost, a trust region technique is incorporated and the Hessian matrix is updated at each iteration. The performance of the algorithm in comparison with the standard ascent dynamics is discussed for a simple two dimensional model PES. Its efficiency for describing the reaction mechanisms involving small and medium size molecular systems is demonstrated for five molecular systems of interest.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2018-10-192019-08-212019-10-08
 出版の状態: 出版
 ページ: 14
 出版情報: -
 目次: -
 査読: 査読あり
 識別子(DOI, ISBNなど): DOI: 10.1021/acs.jctc.8b01061
 学位: -

関連イベント

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訴訟

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Project information

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Project name : -
Grant ID : 752822
Funding program : Horizon 2020 (H2020)
Funding organization : European Commission (EC)
Project name : The authors are grateful for the financial support from the Spanish Ministerio de Economı́a y Competitividad, Projects No. CTQ2016-76423-P, CTQ2017-87773-P/AEI/ FEDER, UE and Spanish Structures of Excellence Marı́a de Maeztu program through grant MDM-2017-0767 and Generalitat de Catalunya, project no. 2017 SGR 348. G.A. acknowledges also the financial support from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under the Marie Sklodowska-Curie grant agreement no 752822.
Grant ID : -
Funding program : -
Funding organization : -

出版物 1

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出版物名: Journal of Chemical Theory and Computation
  その他 : J. Chem. Theory Comput.
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: Washington, D.C. : American Chemical Society
ページ: - 巻号: 15 (10) 通巻号: - 開始・終了ページ: 5426 - 5439 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): ISSN: 1549-9618
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/111088195283832