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  Access to RNA-sequencing data from 1,173 plant species: The 1000 Plant transcriptomes initiative (1KP)

Carpenter, E. J., Matasci, N., Ayyampalayam, S., Wu, S., Sun, J., Yu, J., et al. (2019). Access to RNA-sequencing data from 1,173 plant species: The 1000 Plant transcriptomes initiative (1KP). GigaScience, 8(10): giz126. doi:10.1093/gigascience/giz126.

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Basisdaten

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Genre: Zeitschriftenartikel

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giz126.pdf (Verlagsversion), 2MB
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giz126.pdf
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-
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Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
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Externe Referenzen

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Link (beliebiger Volltext)
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-
OA-Status:

Urheber

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 Urheber:
Carpenter, Eric J, Autor
Matasci, Naim, Autor
Ayyampalayam, Saravanaraj, Autor
Wu, Shuangxiu, Autor
Sun, Jing, Autor
Yu, Jun, Autor
Jimenez Vieira, Fabio Rocha, Autor
Bowler, Chris, Autor
Dorrell, Richard G, Autor
Gitzendanner, Matthew A, Autor
Li, Ling, Autor
Du, Wensi, Autor
Ullrich, Kristian K.1, Autor           
Wickett, Norman J, Autor
Barkmann, Todd J, Autor
Barker, Michael S, Autor
Leebens-Mack, James H, Autor
Wong, Gane Ka-Shu, Autor
Affiliations:
1Department Evolutionary Genetics, Max Planck Institute for Evolutionary Biology, Max Planck Society, ou_1445635              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: The 1000 Plant transcriptomes initiative (1KP) explored genetic diversity by sequencing RNA from 1,342 samples representing 1,173 species of green plants (Viridiplantae).This data release accompanies the initiative's final/capstone publication on a set of 3 analyses inferring species trees, whole genome duplications, and gene family expansions. These and previous analyses are based on de novo transcriptome assemblies and related gene predictions. Here, we assess their data and assembly qualities and explain how we detected potential contaminations.These data will be useful to plant and/or evolutionary scientists with interests in particular gene families, either across the green plant tree of life or in more focused lineages.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2019-08-082019-06-272019-09-282019-10-232019-10
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: DOI: 10.1093/gigascience/giz126
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: GigaScience
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: London : BioMed Central
Seiten: - Band / Heft: 8 (10) Artikelnummer: giz126 Start- / Endseite: - Identifikator: ISSN: 2047-217X
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/2047-217X