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  CRUP: a comprehensive framework to predict condition-specific regulatory units

Ramisch, A., Heinrich, V., Glaser, L. V., Fuchs, A., Yang, X., Benner, P., Schöpflin, R., Li, N., Kinkley, S., Römer-Hillmann, A., Longinotto, J., Heyne, S., Czepukojc, B., Kessler, S. M., Kiemer, A. K., Cadenas, C., Arrigoni, L., Gasparoni, N., Manke, T., Pap, T., Pospisilik, A., Hengstler, J., Walter, J., Meijsing, S., Chung, H.-R., & Vingron, M. (2019). CRUP: a comprehensive framework to predict condition-specific regulatory units. Genome Biology: Biology for the Post-Genomic Era, 20:. doi:10.1186/s13059-019-1860-7.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0005-61C5-F 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0005-61C6-E
資料種別: 学術論文

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Ramisch_2019.pdf (出版社版), 3MB
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ファイルのパーマリンク:
https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0005-61C7-D
ファイル名:
Ramisch_2019.pdf
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OA-Status:
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MIMEタイプ / チェックサム:
application/pdf / [MD5]
技術的なメタデータ:
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著作権日付:
-
著作権情報:
© The Author(s). 2019
CCライセンス:
https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

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作成者

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 作成者:
Ramisch, Anna1, 著者           
Heinrich, Verena2, 著者           
Glaser, Laura V.3, 著者           
Fuchs, Alisa4, 著者
Yang, Xinyi4, 著者           
Benner, Philipp2, 著者           
Schöpflin, Robert5, 著者           
Li, Na4, 著者
Kinkley, Sarah6, 著者           
Römer-Hillmann, Anja4, 著者
Longinotto, John4, 著者
Heyne, Steffen4, 著者
Czepukojc, Beate4, 著者
Kessler, Sonja M.4, 著者
Kiemer, Alexandra K.4, 著者
Cadenas, Cristina4, 著者
Arrigoni, Laura4, 著者
Gasparoni, Nina4, 著者
Manke, Thomas4, 著者
Pap, Thomas4, 著者
Pospisilik, Andrew4, 著者Hengstler, Jan4, 著者Walter, Jörn4, 著者Meijsing, Sebastiaan3, 著者           Chung, Ho-Ryun4, 著者Vingron, Martin2, 著者            全て表示
所属:
1Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1433547              
2Gene regulation (Martin Vingron), Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1479639              
3Mechanisms of Transcriptional Regulation (Sebastiaan H. Meijsing), Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1479641              
4External Organizations, ou_persistent22              
5Research Group Development & Disease (Head: Stefan Mundlos), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1433557              
6Chromatin Structure and Function (Sarah Kinkley), Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_3149476              

内容説明

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キーワード: Enhancer predition, Enhancer dynamics, Gene regulation, Epigenetics, Random forest, Differential analysis, Histone modification, 3D interaction
 要旨: We present the software Condition-specific Regulatory Units Prediction (CRUP) to infer from epigenetic marks a list of regulatory units consisting of dynamically changing enhancers with their target genes. The workflow consists of a novel pre-trained enhancer predictor that can be reliably applied across cell types and species, solely based on histone modification ChIP-seq data. Enhancers are subsequently assigned to different conditions and correlated with gene expression to derive regulatory units. We thoroughly test and then apply CRUP to a rheumatoid arthritis model, identifying enhancer-gene pairs comprising known disease genes as well as new candidate genes.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2019-10-142019-11-08
 出版の状態: オンラインで出版済み
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: 査読あり
 識別子（DOI, ISBNなど）: DOI: 10.1186/s13059-019-1860-7
 学位: -

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出版物 1

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出版物名: Genome Biology : Biology for the Post-Genomic Era
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: London : BioMed Central Ltd.
ページ: - 巻号: 20 通巻号: 20:227 開始・終了ページ: - 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISSN: 1465-6906
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/1000000000224390