Deutsch
 
Hilfe Datenschutzhinweis Impressum
  DetailsucheBrowse

Datensatz

DATENSATZ AKTIONENEXPORT
  CoproID predicts the source of coprolites and paleofeces using microbiome composition and host DNA content

Borry, M., Cordova, B., Perri, A., Wibowo, M., Honap, T. P., Ko, J., et al. (2020). CoproID predicts the source of coprolites and paleofeces using microbiome composition and host DNA content. PeerJ, 8:e9001. doi:10.7717/peerj.9001.

Item is

Basisdaten

einblenden: ausblenden:
Genre: Zeitschriftenartikel

Dateien

einblenden: Dateien
ausblenden: Dateien
:
shh2575.pdf (Verlagsversion), 9MB
Name:
shh2575.pdf
Beschreibung:
OA
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-

Externe Referenzen

einblenden:

Urheber

einblenden:
ausblenden:
 Urheber:
Borry, Maxime1, Autor           
Cordova, Bryan1, Autor           
Perri, Angela, Autor
Wibowo, Marsha, Autor
Honap, Tanvi Prasad, Autor
Ko, Jada, Autor
Yu, Jie, Autor
Britton, Kate, Autor
Girdland-Flink, Linus, Autor
Power, Robert C., Autor
Stuijts, Ingelise, Autor
Salazar-García, Domingo C., Autor
Hofman, Courtney, Autor
Hagan, Richard1, Autor           
Kagoné, Thérèse Samdapawindé, Autor
Meda, Nicolas, Autor
Carabin, Helene, Autor
Jacobson, David, Autor
Reinhard, Karl, Autor
Lewis, Cecil, Autor
Kostic, Aleksandar, AutorJeong, Choongwon2, Autor           Herbig, Alexander1, Autor           Hübner, Alexander1, Autor           Warinner, Christina1, Autor            mehr..
Affiliations:
1Archaeogenetics, Max Planck Institute for the Science of Human History, Max Planck Society, ou_2074310              
2Eurasia3angle, Max Planck Institute for the Science of Human History, Max Planck Society, ou_2301699              

Inhalt

einblenden:
ausblenden:
Schlagwörter: Coprolite, Paleofeces, Microbiome, Endogenous DNA, Archeology, Machine learning, Nextflow, Gut, Human, Dog
 Zusammenfassung: Shotgun metagenomics applied to archaeological feces (paleofeces) can bring new insights into the composition and functions of human and animal gut microbiota from the past. However, paleofeces often undergo physical distortions in archaeological sediments, making their source species difficult to identify on the basis of fecal morphology or microscopic features alone. Here we present a reproducible and scalable pipeline using both host and microbial DNA to infer the host source of fecal material. We apply this pipeline to newly sequenced archaeological specimens and show that we are able to distinguish morphologically similar human and canine paleofeces, as well as non-fecal sediments, from a range of archaeological contexts.

Details

einblenden:
ausblenden:
Sprache(n): eng - English
 Datum: 2020-04-17
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: 23
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

einblenden:

Entscheidung

einblenden:

Projektinformation

einblenden:

Quelle 1

einblenden:
ausblenden:
Titel: PeerJ
  Andere : PeerJ
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: London [u.a.] : PeerJ Inc.
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: 8:e9001 Start- / Endseite: - Identifikator: ISSN: 2167-8359
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/2167-8359