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  Targeted analysis of polymorphic loci from low-coverage shotgun sequence data allows accurate genotyping of HLA genes in historical human populations

Pierini, F., Nutsua, M., Böhme, L., Özer, O., Bonczarowska, J., Susat, J., et al. (2020). Targeted analysis of polymorphic loci from low-coverage shotgun sequence data allows accurate genotyping of HLA genes in historical human populations. Scientific Reports, 10: 7339. doi:10.1038/s41598-020-64312-w.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0006-AFDB-F Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0007-A913-5
Genre: Zeitschriftenartikel

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s41598-020-64312-w.pdf (Verlagsversion), 2MB
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Datei-Permalink:
https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0006-AFDD-D
Name:
s41598-020-64312-w.pdf
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-
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Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
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-
Copyright Info:
-
Lizenz:
https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Pierini, Federica1, 2, Autor           
Nutsua, Marcel, Autor
Böhme, Lisa, Autor
Özer, Onur1, 2, Autor           
Bonczarowska, Joanna, Autor
Susat, Julian, Autor
Franke, Andre, Autor
Nebel, Almut, Autor
Krause-Kyora, Ben, Autor           
Lenz, Tobias L.2, Autor           
Affiliations:
1IMPRS for Evolutionary Biology, Max Planck Institute for Evolutionary Biology, Max Planck Society, ou_1445639              
2Emmy Noether Research Group Evolutionary Immunogenomics, Max Planck Institute for Evolutionary Biology, Max Planck Society, ou_2616693              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: The highly polymorphic human leukocyte antigen (HLA) plays a crucial role in adaptive immunity and is associated with various complex diseases. Accurate analysis of HLA genes using ancient DNA (aDNA) data is crucial for understanding their role in human adaptation to pathogens. Here, we describe the TARGT pipeline for targeted analysis of polymorphic loci from low-coverage shotgun sequence data. The pipeline was successfully applied to medieval aDNA samples and validated using both simulated aDNA and modern empirical sequence data from the 1000 Genomes Project. Thus the TARGT pipeline enables accurate analysis of HLA polymorphisms in historical (and modern) human populations.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2019-12-122020-04-142020-04-30
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: DOI: 10.1038/s41598-020-64312-w
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Scientific Reports
  Kurztitel : Sci. Rep.
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: London, UK : Nature Publishing Group
Seiten: - Band / Heft: 10 Artikelnummer: 7339 Start- / Endseite: - Identifikator: ISSN: 2045-2322
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/2045-2322