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  CSS: Cluster similarity spectrum integration of single-cell genomics data

He, Z., Brazovskaja, A., Ebert, S., Camp, J. G., & Treutlein, B. (2020). CSS: Cluster similarity spectrum integration of single-cell genomics data. Genome Biology, 21:. doi:10.1186/s13059-020-02147-4.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0006-F1B2-0 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000B-ADA6-7
資料種別: 学術論文

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He_CCS_GenomeBio_2020.pdf (出版社版), 2MB
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ファイルのパーマリンク:
https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0006-F1B4-E
ファイル名:
He_CCS_GenomeBio_2020.pdf
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-
OA-Status:
Gold
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application/pdf / [MD5]
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著作権日付:
2020
著作権情報:
© The Author(s). 2020 Open Access This article is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License, which permits use, sharing, adaptation, distribution and reproduction in any medium or format, as long as you give appropriate credit to the original author(s) and the source, provide a link to the Creative Commons licence, and indicate if changes were made. The images or other third party material in this article are included in the article's Creative Commons licence, unless indicated otherwise in a credit line to the material. If material is not included in the article's Creative Commons licence and your intended use is not permitted by statutory regulation or exceeds the permitted use, you will need to obtain permission directly from the copyright holder. To view a copy of this licence, visit http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/. The Creative Commons Public Domain Dedication waiver (http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/) applies to the data made available in this article, unless otherwise stated in a credit line to the data.
CCライセンス:
https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
:
He_CCS_Suppl_GenomeBio_2020.pdf.docx (付録資料), 7MB
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https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0006-F1B5-D
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He_CCS_Suppl_GenomeBio_2020.pdf.docx
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著作権日付:
2020
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CCライセンス:
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作成者

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 作成者:
He, Zhisong, 著者
Brazovskaja, Agnieska1, 2, 著者                 
Ebert, Sebastian1, 著者           
Camp, J. Grey, 著者
Treutlein, Barbara1, 著者                 
所属:
1Single Cell Genomics, Department of Evolutionary Genetics, Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology, Max Planck Society, ou_2173644              
2The Leipzig School of Human Origins (IMPRS), Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology, Max Planck Society, Deutscher Platz 6, 04103 Leipzig, DE, ou_1497688              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: It is a major challenge to integrate single-cell sequencing data across experiments, conditions, batches, time points, and other technical considerations. New computational methods are required that can integrate samples while simultaneously preserving biological information. Here, we propose an unsupervised reference-free data representation, cluster similarity spectrum (CSS), where each cell is represented by its similarities to clusters independently identified across samples. We show that CSS can be used to assess cellular heterogeneity and enable reconstruction of differentiation trajectories from cerebral organoid and other single-cell transcriptomic data, and to integrate data across experimental conditions and human individuals.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2020-09
 出版の状態: 出版
 ページ: 21
 出版情報: -
 目次: -
 査読: 査読あり
 識別子（DOI, ISBNなど）: DOI: 10.1186/s13059-020-02147-4
BibTex参照ID: He2020
 学位: -

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訴訟

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出版物 1

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出版物名: Genome Biology
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: Springer Nature
ページ: - 巻号: 21 通巻号: 224 開始・終了ページ: - 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISSN: 1474-760X