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  Reproducible, portable, and efficient ancient genome reconstruction with nf-core/eager

Fellows Yates, J. A., Lamnidis, T. C., Borry, M., Andrades Valtueña, A., Fagernäs, Z., Clayton, S., et al. (2021). Reproducible, portable, and efficient ancient genome reconstruction with nf-core/eager. PeerJ, e10947. doi:10.7717/peerj.10947.

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Basisdaten

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Genre: Zeitschriftenartikel

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shh2776.pdf (Verlagsversion), 894KB
Name:
shh2776.pdf
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OA
OA-Status:
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Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
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-
Copyright Info:
-
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shh2776pre.pdf (Preprint), 2MB
Name:
shh2776pre.pdf
Beschreibung:
OA
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
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-

Externe Referenzen

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externe Referenz:
Supplemental information (Ergänzendes Material)
Beschreibung:
zip. - (last seen: March 2021)
OA-Status:
externe Referenz:
Code (Ergänzendes Material)
Beschreibung:
nf-core/eager: [2.3.1] - Aalen (Patch) - 2021-01-14 (Version 2.3.1). - (last seen: March 2021)
OA-Status:

Urheber

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 Urheber:
Fellows Yates, James A.1, Autor           
Lamnidis, Thiseas Christos1, Autor           
Borry, Maxime1, Autor           
Andrades Valtueña, Aida1, Autor           
Fagernäs, Zandra1, Autor           
Clayton, Stephen1, Autor           
Garcia, Maxime U., Autor
Neukamm, Judith, Autor
Peltzer, Alexander1, Autor           
Affiliations:
1Archaeogenetics, Max Planck Institute for the Science of Human History, Max Planck Society, ou_2074310              

Inhalt

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Schlagwörter: Bioinformatics, Palaeogenomics, Ancient DNA, Pipeline, Nextflow, Reproducibility, Genomics, Metagenomics
 Zusammenfassung: The broadening utilisation of ancient DNA to address archaeological, palaeontological, and biological questions is resulting in a rising diversity in the size of laboratories and scale of analyses being performed. In the context of this heterogeneous landscape, we present nf-core/eager, an advanced and entirely redesigned and extended version of the EAGER pipeline for the analysis of ancient genomic data. This Nextflow pipeline aims to address three main themes: accessibility and adaptability to different computing configurations, reproducibility to ensure robust analytical standards, and updating the pipeline to the latest routine ancient genomic practises. This new version of EAGER has been developed within the nf-core initiative to ensure high-quality software development and maintenance support; contributing to a long-term lifecycle for the pipeline. nf-core/eager will assist in ensuring that ancient DNA sequencing data can be used by a diverse range of research groups and fields.Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2021-03-16
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: 25
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: Introduction
Materials and methods
- Updated Workflow
- Usage
- Benchmarking
-- Functionality demonstration
-- Run-time comparison
Results
- Functionality demonstration
- Run-time comparison
Discussion
Conclusion
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.7717/peerj.10947
DOI: 10.1101/2020.06.11.145615
Anderer: shh2776
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: PeerJ
  Andere : PeerJ
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: London [u.a.] : PeerJ Inc.
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: e10947 Start- / Endseite: - Identifikator: ISSN: 2167-8359
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/2167-8359

Quelle 2

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Titel: bioRxiv
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: Cold Spring Harbor : Cold Spring Harbor Laboratory
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: 145615 Start- / Endseite: - Identifikator: URI: https://www.biorxiv.org/