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  Community-curated and standardised metadata of published ancient metagenomic samples with AncientMetagenomeDir

Fellows Yates, J. A., Andrades Valtueña, A., Vågene, A. J., Cribdon, B., Velsko, I. M., Borry, M., et al. (2021). Community-curated and standardised metadata of published ancient metagenomic samples with AncientMetagenomeDir. Scientific Data, 8(1): 31, pp. 1-8. doi:10.1038/s41597-021-00816-y.

Item is

Basisdaten

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Genre: Zeitschriftenartikel

Dateien

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:
shh2777.pdf (Verlagsversion), 8MB
Name:
shh2777.pdf
Beschreibung:
OA
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
:
shh2777pre.pdf (Preprint), 2MB
Name:
shh2777pre.pdf
Beschreibung:
OA . - bioArxiv
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-

Externe Referenzen

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externe Referenz:
Code for validation of the dataset (Ergänzendes Material)
Beschreibung:
(with version 1 used for the first release of AncientMetagenomeDir). - (last checked Nov. 2020)
OA-Status:
externe Referenz:
R notebooks (Ergänzendes Material)
Beschreibung:
(last checked: Nov. 2020)
OA-Status:

Urheber

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 Urheber:
Fellows Yates, James A.1, Autor           
Andrades Valtueña, Aida1, Autor           
Vågene, Ashild J., Autor
Cribdon, Becky, Autor
Velsko, Irina M.1, Autor           
Borry, Maxime1, Autor           
Bravo-López, Miriam J., Autor
Fernandez-Guerra, Antonio, Autor           
Green, Eleanor J., Autor
Ramachandran, Shreya L., Autor
Heintzman, Peter D., Autor
Spyrou, Maria A.1, Autor           
Hübner, Alexander1, Autor           
Gancz, Abigail S., Autor
Hider, Jessica, Autor
Allshouse, Aurora F., Autor
Warinner, Christina1, 2, Autor           
Affiliations:
1Archaeogenetics, Max Planck Institute for the Science of Human History, Max Planck Society, ou_2074310              
2Kostbare Kulturen, Max Planck Institute for the Science of Human History, Max Planck Society, ou_2591692              

Inhalt

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Schlagwörter: Data publication and archiving, Genetic databases, Metagenomics
 Zusammenfassung: Ancient DNA and RNA are valuable data sources for a wide range of disciplines. Within the field of ancient metagenomics, the number of published genetic datasets has risen dramatically in recent years, and tracking this data for reuse is particularly important for large-scale ecological and evolutionary studies of individual microbial taxa, microbial communities, and metagenomic assemblages. AncientMetagenomeDir (archived at https://doi.org/10.5281/zenodo.3980833) is a collection of indices of published genetic data deriving from ancient microbial samples that provides basic, standardised metadata and accession numbers to allow rapid data retrieval from online repositories. These collections are community-curated and span multiple sub-disciplines in order to ensure adequate breadth and consensus in metadata definitions, as well as longevity of the database. Internal guidelines and automated checks to facilitate compatibility with established sequence-read archives and term-ontologies ensure consistency and interoperability for future meta-analyses. This collection will also assist in standardising metadata reporting for future ancient metagenomic studies.Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2021-01-26
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: 8
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: Background & Summary
Methods
- Repository Structure
- Data Acquisition
- Data Validation
Data Records
Technical Validation
Usage Notes
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.1038/s41597-021-00816-y
DOI: 10.1101/2020.09.02.279570
Anderer: shh2777
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Projektname : PALEoRIDER
Grant ID : 771234
Förderprogramm : Horizon 2020 (H2020)
Förderorganisation : European Commission (EC)

Quelle 1

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Titel: Scientific Data
  Kurztitel : Sci. Data
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: London, United Kingdom : Nature Publishing Group
Seiten: - Band / Heft: 8 (1) Artikelnummer: 31 Start- / Endseite: 1 - 8 Identifikator: ISSN: 2052-4463
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/2052-4463

Quelle 2

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Titel: bioRxiv
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: Cold Spring Harbor : Cold Spring Harbor Laboratory
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: 279570 Start- / Endseite: - Identifikator: URI: https://www.biorxiv.org/