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  Comparison of target enrichment strategies for ancient pathogen DNA

Furtwängler, A., Neukamm, J., Böhme, L., Reiter, E., Vollstedt, M., Arora, N., et al. (2020). Comparison of target enrichment strategies for ancient pathogen DNA. Biotechniques, 69(6), 455-459. doi:10.2144/btn-2020-0100.

Item is

Basisdaten

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Genre: Zeitschriftenartikel

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Furtwängler, Anja1, Autor
Neukamm, Judith, Autor
Böhme, Lisa, Autor
Reiter, Ella, Autor
Vollstedt, Melanie, Autor
Arora, Natasha, Autor
Singh, Pushpendra, Autor
Cole, Stewart T, Autor
Knauf, Sascha, Autor
Calvignac-Spencer, Sébastien, Autor
Krause-Kyora, Ben2, Autor           
Krause, Johannes1, 2, Autor           
Schuenemann, Verena J, Autor
Herbig, Alexander2, Autor           
Affiliations:
1MHAAM, Max Planck Institute for the Science of Human History, Max Planck Society, ou_2541699              
2Archaeogenetics, Max Planck Institute for the Science of Human History, Max Planck Society, ou_2074310              

Inhalt

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Schlagwörter: ancient DNA, high-throughput sequencing, hybridization capture, Mycobacterium leprae, pathogen DNA, target enrichment, Treponema pallidum
 Zusammenfassung: In ancient DNA research, the degraded nature of the samples generally results in poor yields of highly fragmented DNA; targeted DNA enrichment is thus required to maximize research outcomes. The three commonly used methods ? array-based hybridization capture and in-solution capture using either RNA or DNA baits ? have different characteristics that may influence the capture efficiency, specificity and reproducibility. Here we compare their performance in enriching pathogen DNA of Mycobacterium leprae and Treponema pallidum from 11 ancient and 19 modern samples. We find that in-solution approaches are the most effective method in ancient and modern samples of both pathogens and that RNA baits usually perform better than DNA baits.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2020-11-022020-12
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: 6
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.2144/btn-2020-0100
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Biotechniques
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: [Natick, MA : Eaton Pub. Co.
Seiten: - Band / Heft: 69 (6) Artikelnummer: - Start- / Endseite: 455 - 459 Identifikator: ISSN: 0736-6205
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/954925536105