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  The Molecular Dynamics Module of NWChem - Design and Application in Protein Simulations

Straatsma, T., & Helms, V. (2000). The Molecular Dynamics Module of NWChem - Design and Application in Protein Simulations. In R., Esser (Ed.), Molecular Dynamics on Parallel Computers (pp. 70-82). Singapore: World Scientific.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0008-A3D9-B 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0008-A3DA-A
資料種別: 書籍の一部

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作成者

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 作成者:
Straatsma, T.P.1, 著者
Helms, Volkhard2, 著者           
所属:
1High Performance Computational Chemistry Group, Environmental Molecular Sciences, Laboratory, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, WA, USA, ou_persistent22              
2Max Planck Research Group of Theoretical Biophysics, Max Planck Institute of Biophysics, Max Planck Society, ou_2068294              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: NWChem is the massively parallel computational chemistry software package developed by the High Performance Computational Chemistry group for the Environmental Molecular Sciences Laboratory at the U.S. Department of Energy's Pacific Northwest National Laboratory. This software includes modules for quantum-mechanical and classical computational chemistry. This contribution details the implementation and performance of the molecular dynamics simulation module. The module is based on a domain decomposition approach to make it efficient for the simulation of large molecular systems on massively parallel computer architectures, despite the added complexity to deal with the necessary periodic atomic reassignments and dynamic load balancing techniques for heterogeneous systems. The calculation of atomic forces is the component that requires most of the communication and computational resources in molecular simulations. The use of the Global Array tools for one-sided asynchronous communication between processors allows this component to be carried out very efficiently when dynamic load balancing techniques are used.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2000-02-01
 出版の状態: 出版
 ページ: 13
 出版情報: -
 目次: -
 査読: 査読あり
 識別子（DOI, ISBNなど）: DOI: 10.1142/9789812793768_0004
 学位: -

関連イベント

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訴訟

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Project information

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出版物 1

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出版物名: Molecular Dynamics on Parallel Computers
種別: 書籍
 著者・編者:
Esser, Rüdiger1, 編集者
Grassberger, Peter1, 著者
Grotendorst, Johannes1, 著者
Lewerenz, Marius2, 著者
所属:
1 NIC, Research Centre Jülich, Germany, ou_persistent22            
2 Université Pierre et Marie Curie, France, ou_persistent22            
出版社, 出版地: Singapore : World Scientific
ページ: 392 巻号: - 通巻号: - 開始・終了ページ: 70 - 82 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: DOI: 10.1142/4353
ISBN: 978-981-02-4232-9
ISBN: 978-981-4493-55-0